1、前期準(zhǔn)備
第一步, 獲取repeat注釋結(jié)果，使用RepeatMasker對基因組進(jìn)行repeat分析，可以得到以out結(jié)尾的文件，命令行如下：
#genome.fa：為進(jìn)行repeat分析的基因組文件
#denovo.lib：從頭repeat分析得到的repeat庫
RepeatMasker genome.fa -lib denovo.lib -s -nolow -norna -gff -engine ncbi -parallel 8 -no_is -dir ./
# 輸出文件會在-dir指定的路徑下生成 genome.fa.out
第二步，獲取關(guān)心TE類型在基因組的分布
#通過模式匹配獲取位置分布，下面命令行以LTR/Gypsy為例進(jìn)行展示，
# 后面我們還依次得到LTR/Copia、LINE、DNA的分布
sed 's/^\s*//' genome.fa.out|awk 'BEGIN{OFS="\t"}{if($11~/LTR\/Gypsy/){print $5,$6,$7,$11}}' | sort -k1,1 -k2,2n >LTR_Gypsy.bed
bedtools merge -i LTR_Gypsy.bed >LTR_Gypsy.merged.bed
第三步，生成基因組的配置文件
#計算染色體長度
samtools faidx genome.fa -o genome.fai
#刪除冗余列，只保留序列名稱和長度列，并且只保留染色體水平的序列
grep "^Chr" genome.fai|cut -f1,2 >genome.length.txt
#以100Kb為窗口，生成基因組的bed文件
bedtools makewindows -g genome.length.txt -w 100000 >genome.bed
#生成繪圖用到的基因組信息文件
cat genome.length.txt|while read chr len;do index=$[index + 1]; echo -e "$chr\t$len\t12\t1\t1\t0\tblack\tblack\tblack\t$index";done >genome.list
第四步，計算不同類型TE在基因組以100Kb為窗口中的覆蓋度
#還是以LTR/Gypsy為例（該文件來自第二步），計算窗口中的覆蓋度，
#其中g(shù)enome.bed來自第三步，其他類型操作類似依次得到LTR_Copia.BED、LINE.BED、DNA.BED
bedtools coverage -a genome.bed -b LTR_Gypsy.merged.bed| awk 'BEGIN{OFS="\t"}{print $(1),$(2),$(3),$(7)}' >LTR_Gypsy.BED
2、生成配置文件
首先從整體上看下配置文件（example.ini）的內(nèi)容，后面我們詳細(xì)說明ref_in*中color_file 、lab、lab_color 、lab_size 、min、max參數(shù)。
[canvas]
width = 1000
height = 1500
direction = horizontal
axis_ratio = 0.05
name_ratio = 0.1
margin = 10,10,5,20
inner_ratio = 0.1,0.85,0.05,0,0
[axis]
canvas_position = bottom
ticks_minor = 2Mb
ticks_major = 10Mb
ticks_minor_len = 5
ticks_major_len = 10
axis_line = 0.4
axis_color = rgb(0,0,0)
axis_label = 0.85
axis_label_size = 12
axis_label_color = rgb(0,255,255)
axis_width = 1
axis_opacity = 1
label_unit = Mb
[chromosome]
canvas_position = left
chromosome_list = min_ref.list
chroms = 1,2,3,4,5,6,7,8,9,10
name_position = topleft
round = 0
[ref_in1]
file = LTR_Gypsy.BED
type = heatmap
pos0 = 0
pos1 = 0.2
color_file = color.txt
lab = LTR/Gypsy
lab_color = black
lab_size = 10
min = 0
max = 1
[ref_in2]
file = LTR_Copia.BED
type = heatmap
pos0 = 0.2
pos1 = 0.4
color_file = color.txt
lab = LTR/Copia
lab_color = black
lab_size = 10
min = 0
max = 1
[ref_in3]
file = DNA.BED
type = heatmap
pos0 = 0.4
pos1 = 0.6
color_file = color.txt
lab = DNA
lab_color = black
lab_size = 10
min = 0
max = 1
[ref_in4]
file = LINE.BED
type = heatmap
pos0 = 0.6
pos1 = 0.8
color_file = color.txt
lab = LINE
lab_color = black
lab_size = 10
min = 0
max = 1
如果type為heatmap，我們可以使用內(nèi)置生成顏色的方案，這就需要設(shè)置low_color和high_color ，也可以自己生成漸變色列表。如果使用自定義的顏色方案，就需要配置color_file 參數(shù)，里面是漸變色碼。顏色和值的對應(yīng)關(guān)系是線性的，文件開頭的顏色值對應(yīng)值較小的顏色，后面的顏色值對應(yīng)值較大時的顏色。如果使用自己的顏色方案，可以使用下面R代碼生成漸變色列表文件，只需要修改里面的顏色值即可：
#!/usr/bin/Rscript
code <- colorRampPalette(c("blue", "orange", "red"),space = "rgb")(100)
write.table(code, file="color.txt", quote=FALSE, col.names=FALSE, row.names=FALSE)
library("RColorBrewer")
display.brewer.pal(11,"PiYG")
data<-brewer.pal(11,"PiYG")
write.table(rev(data), file="color2.txt", quote=FALSE, col.names=FALSE, row.names=FALSE)
這里的lab參數(shù)用于設(shè)置標(biāo)簽名稱，來標(biāo)注每一部分的TE類型；lab_color設(shè)置標(biāo)簽顏色；lab_size設(shè)定標(biāo)簽的字體大小。
對于一個窗口，如果沒有覆蓋，那么其覆蓋度就是0，而如果完全被覆蓋，即這個窗口都是某一類型的TE，那么其覆蓋度就是1，所以我們設(shè)置min=0、max=1。
3. 運(yùn)行軟件生成圖片
recos下載安裝完成后，按照上面描述生成相關(guān)配置文件，就可以運(yùn)行軟件了：
#其中example.ini為配置文件名稱，-o后面的sample表示輸出文件名稱前綴，下例輸出文件為sample.svg
perl recos_wrapper.pl -c example.ini -o sample
最終生成的不同TE類型的分布熱圖
