MSI

msisensor 計算msi原理

MSI突變中重復至少5次的1-5個堿基的序列。
然后，使用MSIsensor msi命令，
通過使用卡方檢驗比較腫瘤和正常樣品之間的讀取長度分布來估計每個微衛(wèi)星位點
（具有≥20個映射讀數(shù)）和每個腫瘤/正常組織對的突變狀態(tài)。
P從MSIsensor輸出中提取每個微衛(wèi)星的值并用于定義微衛(wèi)星突變狀態(tài)
（如果P <.05，則認為微衛(wèi)星是突變的）
msisensor-dis文件中標記詳細信息

  T0000110000
  N0000110000

T=1,1
N=1,1
msi 計算每條reads 的 重復數(shù)量
對比T/N (T-N)^2/N =X^2 得出 卡方值，結果對應表得出Pvalue
直接用python scipy包計算就可以