在黑客帝國1中，主人公尼奧看到的真相是，人類被機器世界奴役，成為機器世界的能源的來源，而機器世界要獲得豐富的能源以及創(chuàng)新，需要人腦處于活躍狀態(tài)，所以創(chuàng)造了矩陣。人類的實體生存在機器能源田地之中，而矩陣則讓人腦以為自己生活在一個現(xiàn)實世界中。少數(shù)的人類精英逃脫了矩陣的的控制，并且解救越來越多的人類創(chuàng)建錫安，與矩陣對抗，希望最終破壞及其世界解放人類。

黑客帝國2中，尼奧費盡千辛萬苦，最終闖入巨震的核心見到矩陣的設(shè)計師，設(shè)計師坦然的告訴他，這個現(xiàn)實世界還有更深一層的真相。

現(xiàn)在的矩陣已經(jīng)是第六個版本。前兩個版本，都被設(shè)計成完美的矩陣，但因為人類有情感，導(dǎo)致系統(tǒng)不穩(wěn)定，前兩個版本都崩潰了。無論怎樣，都會有少量人類覺醒，逃出系統(tǒng)，建立人類城市。后面的版本為了讓系統(tǒng)穩(wěn)定，允許讓系統(tǒng)存在缺陷或異常，當異常積累到足夠大時，就升級，消滅這些累積的異常。尼奧本身其實是系統(tǒng)異常的聚合體，每當異常累積到可能讓系統(tǒng)崩潰時，尼奧這個救世主就會被召喚這里，讓他在選擇拯救人類。人類城市被毀滅，尼奧帶著少量幸存者重建人類城市。

先知其實也是一段程序。只不過她開始理解了人類的情感，并且明白，機器世界與人類世界其實是陰陽兩極，一體共生的。而且人類有選擇，人類的選擇不會按照設(shè)計師的意愿。而人類不按照設(shè)計師的意愿進行選擇，也恰恰提供了打破這種不斷通過毀滅人類城市進行版本更新循環(huán)的可能。

先知基于這種認識才愿意幫助人類，幫助尼奧，同時也是為了實現(xiàn)人類世界與機器世界中間的和平，兩個世界實現(xiàn)穩(wěn)定的平衡。

設(shè)計師對尼奧解釋了這一切后，給尼奧兩個選擇，一個是犧牲自己的愛人Trinity，去拯救錫安，就無數(shù)的人類，一個是放棄人類拯救自己的愛人。

設(shè)計師不懂人類的愛情，所以他當然認為，尼奧會為了人類大局放棄愛人，這樣自然可以實現(xiàn)設(shè)計師的意愿，毀滅大部分人類，從而消除系統(tǒng)累計的異常，保障機器世界的穩(wěn)定。

第六個版本的救世主尼奧，做出了設(shè)計師意料之外的選擇，就是去救自己的愛人。而這一選擇與之前的版本的救世主完全不同，從而打破了過去版本的人類不斷毀滅的循環(huán)。

黑客帝國2，其實講的是，AI建立的機器世界已經(jīng)意識到，世界不可能完美，一定會存在缺陷，需要陰陽平衡，但他實現(xiàn)陰陽平衡的辦法是消滅大部分人類，從而消除系統(tǒng)累積的異常，可以正常運轉(zhuǎn)。

但要實現(xiàn)陰陽平衡，其實是有兩種方法的，一種方法是陰陽兩方進行斗爭直到消滅另一方。事實上，任何事物有陰必有陽，有陽也必有陰。孤陰不生孤陽不長。其中一方被消滅，另外一方也無法繼續(xù)存在。

因此，實現(xiàn)平衡的另外一種方法，是用和平的方法實現(xiàn)和諧共存，彼此給對方一個空間，接納對方的存在。

總之，黑客帝國2進一步闡明了，現(xiàn)實不等于真實，真相背后可能還有更深的真相。在陰陽的矛盾斗爭中，企圖消滅另一方，最終是徒勞的，因為這也意味著自己這一方的毀滅。