比較TCGA正常組織與腫瘤組織表達(dá)量不能更方便

在開發(fā)UCSCXenaShiny這個(gè)包過程中開發(fā)了一個(gè)小工具，用于查看某個(gè)基因在腫瘤組織和正常組織中表達(dá)量的差異。腫瘤組織數(shù)據(jù)來源于TCGA，正常組織數(shù)據(jù)來源于GTEX。

使用起來非常方便

首先安裝開發(fā)版本的包


remotes::install_github("openbiox/XenaShiny")

library(UCSCXenaShiny)

接著直接調(diào)函數(shù)


#使用小提琴圖

vis_toil_TvsN(Gene = "TP53", Mode = "Violinplot", Show.P.value = F, Show.P.label = F)

#使用箱型圖

vis_toil_TvsN(Gene = "TP53", Mode = "Boxplot", Show.P.value = F, Show.P.label = F)

#加上P值

vis_toil_TvsN(Gene = "TP53", Mode = "Violinplot", Show.P.value = T, Show.P.label = T)

#換個(gè)配色

vis_toil_TvsN(Gene = "TP53", Mode = "Violinplot", Show.P.value = T, Show.P.label = T,value = c("Red","Green"))
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https://github.com/openbiox/XenaShiny

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