R包是生信技能樹生信爆款入門課程R語言部分的講到的一個重要知識點。
為加深理解，簡單總結(jié)如下。
1.R包(R package)介紹
程序包是什么？
R程序包是多個函數(shù)的集合，具有詳細(xì)的說明和示例。 包含R函數(shù)、數(shù)據(jù)、幫助文件、描述文件等。
為什么要安裝程序包？
特定的分析功能，需要用相應(yīng)的程序包實現(xiàn)。 例如：作圖包ggplot2，差異分析包limma等等。
2.R包來源
(1)CRAN網(wǎng)站
http://cran.r-project.org/web/views/
(2)Bioconductor
(3)github
3.R包安裝前需設(shè)置鏡像
鏡像
鏡像網(wǎng)站相當(dāng)于主網(wǎng)站的副本，在訪問主網(wǎng)站存在障礙時，訪問鏡像 網(wǎng)站也可。
R和Bioconductor主網(wǎng)站位于國外，選擇國內(nèi)的鏡像可加快訪問速度。
鏡像設(shè)置方法
方法1：tools–global option-packages-選擇中科大或清華
方法2：代碼設(shè)置
options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
4.用于R包安裝與加載的函數(shù)
R包來源決定安裝使用的代碼
- CRAN：
install.packages() - Biocductor:
BiocManager::install() - Github:
devools::install_github()
安裝后需要加載才能用
一次安裝，每次打開新的session都要加載。
加載：二選一，不加引號,library()或require()
library() require()
library(tidyr)
require(tidyr)
