R語言基礎(chǔ)
R和RStudio
R和RStudio介紹
R是一種編程語言，也是統(tǒng)計(jì)計(jì)算和繪圖的環(huán)境，它匯集了許多函數(shù)，能夠提供強(qiáng)大的功能。
RStudio是免費(fèi)提供的開源集成開發(fā)環(huán)境（IDE）。RStudio提供了一個(gè)具有很多功能的環(huán)境，使R更容易使用，是在終端中使用R的絕佳選擇。
——引自生信星球
設(shè)置字體大小
在上方的窗口Tools中選擇Global Options，點(diǎn)擊Appearance，在Editor Font size里調(diào)試合適的大小。
使用RStudio簡單作圖
-
plot(rnorm(50)可以作出散點(diǎn)圖
散點(diǎn)圖
rnorm()為隨機(jī)生成一系列的隨機(jī)數(shù)，隨機(jī)數(shù)的個(gè)數(shù)、均值和標(biāo)準(zhǔn)差都可以設(shè)定。
rnorm(100) #產(chǎn)生100個(gè)服從正態(tài)分布的隨機(jī)數(shù)
rnorm(100,3,4) #產(chǎn)生100個(gè)均值是3，標(biāo)準(zhǔn)差為4的隨機(jī)數(shù)
- 箱線圖
boxplot(iris$Sepal.Length~iris$Species,col = c("lightblue","lightyellow","lightpink"))
箱式圖
以下引自生信人：《R語言基礎(chǔ)繪圖——箱線圖》
箱線圖是利用數(shù)據(jù)中最小值、第一四分位數(shù)、中位數(shù)、第三四分位數(shù)與最大值來描述數(shù)據(jù)的一種方法，
它也可以粗略地看出數(shù)據(jù)是否具有有對(duì)稱性，分布的分散程度等信息。
采用boxplot創(chuàng)建一個(gè)箱線圖：
基本語法：
boxplot(x, data, notch, varwidth, names, main)
參數(shù)：
x - 是一個(gè)向量或一個(gè)公式
data - 是數(shù)據(jù)幀
notch - 是一個(gè)邏輯值，若設(shè)置為TRUE畫一個(gè)缺口。
varwidth - 是一個(gè)邏輯值，若設(shè)置為 true 時(shí)來畫的寬度成正比到樣本大小的方塊。
names - 是將每個(gè)箱線圖下被打印的組標(biāo)簽。
main - 用于給出曲線圖的標(biāo)題。
R語言基本操作
1. 用Rproject管理工作目錄
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新建
點(diǎn)擊?旁的圖標(biāo)，新建project，在彈出的窗口中選擇New Directory-New Project，填寫新文件夾名并選擇路徑，即可創(chuàng)建成功。
創(chuàng)建 - 打開
在相應(yīng)路徑中找到所創(chuàng)建的R project，雙擊打開即可。
2. 顯示文件列表
使用dir()或list.files()都可以查看。
3. 加減乘除
+/-：加/減
*：乘
/：除
^：n次方
sqrt()：開平方
abs()：取絕對(duì)值
logn()：取對(duì)數(shù)
4. 賦值
賦值符號(hào)用<-
5. 刪除變量
rm()括號(hào)內(nèi)輸入想要?jiǎng)h除的變量；rm(list = ls())為清空所有變量。
6. 列出歷史命令
history()，也可以直接用鼠標(biāo)單擊右上角的history標(biāo)簽。
7. 清空控制臺(tái)
快捷鍵ctrl+l
