上期我們給大家介紹過一些基因組測序技術(shù)，隨著測序技術(shù)的發(fā)展及其方法不斷改進，這的確大大降低基因組測序的成本。有了新穎的測序技術(shù)，各式各樣的生信分析工具就接踵而至。大家常用哪些生信工具挖掘數(shù)據(jù)呢？是否覺得用了生信工具做數(shù)據(jù)，會比做傳統(tǒng)實驗的效率更高呢？今天小編為你介紹常用的生信分析工具，這對你撰寫研究方案和SCI文章寫作很有幫助哦！
1. solQTL （了解分析茄科、菊科的表型和基因型）
http://solgenomics.net/qtl/
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solQTL是番茄基因組測序計劃的基因組信息資源門戶網(wǎng)站數(shù)據(jù)庫SGN (http://solgenomics.net) 的子模塊。
在solQTL上可看到全基因組QTL圖譜的很多參數(shù)資料：
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同時，還能清楚看到染色體每個位點：
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目前的植物數(shù)據(jù)庫Gramene (http://www.gramene.org)和MaizeGDB (http://www.maizegdb.org)，以及動物數(shù)據(jù)庫Animal QTLdb (http://www.animalgenome.org)的唯一最大的缺陷的是不會記錄文獻上的原始數(shù)據(jù)，所以用這些數(shù)據(jù)庫是不能很好地分析QTL。
所以，solQTL數(shù)據(jù)庫的網(wǎng)站界面容易操作，允許研究人員將茄科的表型和基因型原始數(shù)據(jù)上傳到SGN數(shù)據(jù)庫，進行QTL（數(shù)量性狀位點）分析并動態(tài)交聯(lián)到相關(guān)的基因組注釋。同時，研究人員還能利用solQTL選擇QTL圖譜的實時統(tǒng)計參數(shù)，也可以選擇把自己上傳的原始和分析的數(shù)據(jù)公開給其他用戶看。
SolQTL數(shù)據(jù)庫的操作說明書可以從該網(wǎng)站上下載哦！
http://solgenomics.net/qtl/guide.pl
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2. SeqBuster （分析人類胚胎干細胞小RNA）
http://estivill_lab.crg.es/seqbuster
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允許對任何自定義數(shù)據(jù)庫進行注釋。在一個獨立的平臺上SeqBuster綜合了多個分析模塊，構(gòu)成了第一個提供miRNA變異體（isomiRs）特性的重要生信工具，SequBuster常用于貯存人胚胎干細胞小RNA的數(shù)據(jù)集
預(yù)分析
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預(yù)分析模塊上，原始數(shù)據(jù)被識別和注釋，注釋是經(jīng)由網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器生成，也可用自定義的數(shù)據(jù)庫經(jīng)由獨立運行的平臺上生成。經(jīng)處理和注釋的數(shù)據(jù)就會被貯存在MySQL數(shù)據(jù)庫中，這種網(wǎng)絡(luò)界面可允許用數(shù)種R語言包分析數(shù)據(jù)。輸出的數(shù)據(jù)可以在HTML上看到并保存在服務(wù)器、下載到本地硬盤。
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3. Phamerator （用于比較噬菌體基因組）
通過成對比較將編碼蛋白的基因分配到相關(guān)序列的“Phamily基因家族”中，以生成具有共同基因關(guān)系的數(shù)據(jù)庫。Phamerator用于生成多種含核苷酸和氨基酸序列的噬菌體以及含有保守結(jié)構(gòu)域的基因的圓形基因組圖譜，便于分析通過水平上的基因交換的噬菌體種群的遷移，從而了解到單個基因的進化史。
Phamerator使用MySQL數(shù)據(jù)庫軟件，相關(guān)基因數(shù)據(jù)可從GenBank和NCBI保守結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù)庫中找到。
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Phamerator數(shù)據(jù)庫的架構(gòu)：
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在Phamerator上生成的基因組圖譜：
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還可以把Gumball基因組其中一段放大，可以了解到基因的功能呢。比如說，在這段6~23區(qū)域的基因有四個是保守結(jié)構(gòu)域的基因。
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4. ARG-ANNOT [Antibiotic Resistance Gene-ANNOTation]（用于檢測細菌基因組的抗生素抗性（AR）基因)
在此之前，雖然已有數(shù)個AR基因數(shù)據(jù)庫如，2005年的ARGO數(shù)據(jù)庫、2007年的MvirDB的微生物數(shù)據(jù)庫、2009年的ARDB數(shù)據(jù)庫、2012年的Resfinder數(shù)據(jù)庫，但是除了ResFinder之外的這些數(shù)據(jù)庫已再也沒更新過。ResFinder只能查到已被人發(fā)現(xiàn)的AR基因，而且也不能檢測與AR有關(guān)的染色體靶基因的點突變。
于是，在2014年，Rolain課題組創(chuàng)建了ARG-ANNOT數(shù)據(jù)庫，ARG-ANNOT利用Bio-EditH軟件通過BLAST程序來操作，允許用戶不需要在網(wǎng)絡(luò)界面上能分析已知和推定假設(shè)的AR基因的序列。具有抗生素抗性的決定簇來自于發(fā)表的文章和網(wǎng)絡(luò)資源，核苷酸和蛋白序列則從NCBI GenBank數(shù)據(jù)庫中提取。通過構(gòu)建了包含1689個AR基因的數(shù)據(jù)庫后， 隨機抽取100條序列測試這個Bio-Edit軟件，以證明ARG-ANNOT具有100%特異性和敏感性。
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http://www.mbio.ncsu.edu/bioedit/bioedit.html
ARG-ANNOT database browser on Bio-Edit
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粘貼要查詢的序列、選擇數(shù)據(jù)庫類型，再選擇不同參數(shù)，進行搜索。
參考文獻（圖片均來自文獻 ）：
solQTL: a tool for QTL analysis, visualization and linking to genomes at SGN database. BMC Bioinformatics. 2010 Oct 21;11:525.
SeqBuster, a bioinformatic tool for the processing and analysis of small RNAs datasets, reveals ubiquitous miRNA modifications in human embryonic cells. Nucleic Acids Res. 2010 Mar;38(5):e34.
ARGANNOT, a new bioinformatic tool to discover antibiotic resistance genes in bacterial genomes. Antimicrob Agents Chemother. 2014;58(1):212-20.
Phamerator: a bioinformatic tool for comparative bacteriophage genomics. BMC Bioinformatics. 2011 Oct 12;12:395.
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