X-tile 使用:找到最佳Cut-off

生存曲線的高低風(fēng)險(xiǎn)組的分割有時(shí)候是很麻煩的事情,有時(shí)候要試很多次才能找到一個(gè)核實(shí)的分割點(diǎn),但是實(shí)際上這有沒有意義有時(shí)候感覺是一種玄學(xué),但是實(shí)際上早就有一種方法可以判斷了,這便是X-tile(04年開發(fā)的)X-Tile | Clinical Cancer Research | American Association for Cancer Research (aacrjournals.org)

下面這篇文章便展示使用了這種方法

Large-scale and high-resolution mass spectrometry-based proteomics profiling defines molecular subtypes of esophageal cancer for therapeutic targeting | Nature Communications

我們使用了兩種方法來評(píng)估蛋白質(zhì)表達(dá)率和患者風(fēng)險(xiǎn)之間的聯(lián)系。(1) Cox PH 模型。使用單變量 Cox PH 模型估計(jì)每種蛋白質(zhì)的危害比率(HR)、置信區(qū)間和 Cox p 值。HR > 1表示該蛋白的表達(dá)與患病風(fēng)險(xiǎn)呈正相關(guān),HR < 1表示負(fù)相關(guān)。如果 Cox p 值 < 0.05,這種相關(guān)性被認(rèn)為是顯著的。分別估計(jì)了與操作系統(tǒng)和 DFS 的相關(guān)性。(2)The X-tile method。根據(jù)蛋白質(zhì)的表達(dá)值,采用 X-tile 方法將 EC 患者分為兩組。采用對(duì)數(shù)秩檢驗(yàn)方法計(jì)算兩組生存差異的對(duì)數(shù)秩 p 值。如果高蛋白表達(dá)組的平均存活時(shí)間短于低蛋白表達(dá)組的平均存活時(shí)間,則認(rèn)為每種蛋白表達(dá)與患者風(fēng)險(xiǎn)呈正相關(guān),反之亦然。當(dāng)對(duì)數(shù)序列 p 值 < 0.05時(shí),相關(guān)性顯著。本研究采用 X-tile 方法估計(jì)蛋白質(zhì)表達(dá)與 OS 之間的相關(guān)性。

而要使用X-tie很簡單
【醫(yī)學(xué)生必備技能】教你使用x-tile工具簡單獲取統(tǒng)計(jì)學(xué)模型中的最佳cut off值。_嗶哩嗶哩_bilibili

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