以前處理fasta文件都是使用的python,因?yàn)橛袕?qiáng)大的Biopython?，F(xiàn)在發(fā)現(xiàn)R也有很多包可以處理序列文件。然后借助這些包，做簡(jiǎn)單的少量序列比對(duì)工具。
http://qplot.cn/tools/tools-fasta/
使用場(chǎng)景：驗(yàn)證序列的方向，與目標(biāo)序列比對(duì)。
1.輸入標(biāo)準(zhǔn)fastA格式，然后可以單獨(dú)對(duì)每條序列進(jìn)行翻轉(zhuǎn)，互補(bǔ)，截取。處理過(guò)的序列進(jìn)行兩兩比對(duì)，或多序列比對(duì)。
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2.處理結(jié)果，兩兩比對(duì)
3.多序列比對(duì)Muscle（還有點(diǎn)問(wèn)題），ClustalW
用msaR展示
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主要包：seqnr,Biostrings,msa,msaR
如果有其它功能需求，可以簡(jiǎn)書(shū)留言。
更多工具：http://qplot.cn/indexapp/
