E. coli ST1193比較基因組

文章

標(biāo)題：Phylogenetic Analysis Reveals Distinct Evolutionary Trajectories of the Fluoroquinolones- Resistant Escherichia coli ST1193 From Fuzhou
中文：系統(tǒng)發(fā)育分析揭示了福州耐氟喹諾酮類大腸桿菌ST1193的不同進(jìn)化軌跡
期刊：Front Microbiol
時間：2021

要點(diǎn)

  • 大腸桿菌(e.c oli) ST1193是一種新興的氟喹諾酮類耐藥和毒性菌株
  • 76個E. coli ST1193基因組在全球范圍內(nèi)系統(tǒng)發(fā)育分析
  • o型O75的分離株占94.7% K5莢膜占9.33%，K1莢膜占90.67%
  • 核心基因組分析結(jié)果顯示分為2個進(jìn)化支：進(jìn)化支A包括25株非中國產(chǎn)大腸桿菌ST1193，進(jìn)化支B包括福州地區(qū)分離的所有分離株
  • 150個進(jìn)化枝特異基因中發(fā)現(xiàn)了indel，這些基因富集在生物過程和分子功能中
  • 非中國A支和中國B支耐藥基因(ARGs)、毒力因子和質(zhì)粒復(fù)制子類型差異有統(tǒng)計學(xué)意義(p < 0.05)
  • 遺傳環(huán)境分析表明，blaCTX-M-55側(cè)翼環(huán)境具有多樣性

E. coli ST1193核心基因進(jìn)化樹

150 clade-specific genes的GO富集分析

毒力因子，質(zhì)粒復(fù)制型，抗生素耐藥基因在76 E. coli ST1193基因組中

國內(nèi)外毒力因子，質(zhì)粒復(fù)制型，抗生素耐藥基因的比較

blaCTX?M?55 的遺傳環(huán)境

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