為發(fā)表論文故，測(cè)序數(shù)據(jù)一般需要上傳至公共數(shù)據(jù)庫，對(duì)我們而言，國外數(shù)據(jù)庫一般選NCBI，國內(nèi)的可上傳至GSA。其中，人遺數(shù)據(jù)需要上傳到GSA-human，其他物種數(shù)據(jù)上傳到GSA即可。

自從2019年國家出臺(tái)了人遺資源相關(guān)的條規(guī)后，所有上傳至公共數(shù)據(jù)庫的人遺資源都需要在科技部備案。上傳到國內(nèi)的GSA-human，必須要有備份號(hào)和備案號(hào)才能釋放數(shù)據(jù)；上傳到NCBI，釋放數(shù)據(jù)雖然不需要這兩個(gè)編號(hào)，但如果被人舉報(bào)沒有提前進(jìn)行備份和備案......可能就不只是一篇文章的事了。上傳到GSA的數(shù)據(jù)不需要備份或備案，可直接釋放。

本文僅針對(duì)人遺數(shù)據(jù)共享，穩(wěn)妥起見（節(jié)省時(shí)間），建議提前上傳數(shù)據(jù)至數(shù)據(jù)庫，生成臨時(shí)訪問鏈接后投稿；同時(shí)申請(qǐng)備份號(hào)，拿到備份號(hào)之后才能申請(qǐng)備案號(hào)。 下面會(huì)具體介紹如何進(jìn)行備份、備案，以及如何上傳數(shù)據(jù)至GSA-human和NCBI。

申請(qǐng)備份號(hào)：需提交數(shù)據(jù)

人類遺傳資源信息備份平臺(tái)： https://202.108.211.75/ 有時(shí)候會(huì)提示為不安全鏈接，繼續(xù)訪問即可。個(gè)人感覺這一步并沒有“卡“一說，主要目的是將數(shù)據(jù)留存到國家平臺(tái)。

時(shí)間：大概20天獲得備份號(hào)。

聯(lián)系：電話咨詢，是一位說話溫柔的小姐姐接電話，很耐心；郵件溝通，一般第二天就能收到回復(fù)，高效。

基本流程：

• 注冊(cè)個(gè)人賬戶，這里不需要用PI信息，個(gè)人注冊(cè)即可。

  
  
  注冊(cè)賬戶

• 證件上傳：（2022.4）新出的要求，認(rèn)證需上傳組織機(jī)構(gòu)代碼證復(fù)印件、經(jīng)辦人本人身份證復(fù)印件、法人授權(quán)委托書（經(jīng)辦人非法人的情況）。
  經(jīng)辦人本人身份證復(fù)印件：經(jīng)辦人指賬號(hào)所有人，不是項(xiàng)目負(fù)責(zé)人。人遺辦小姐姐說“不同項(xiàng)目可能對(duì)應(yīng)不同的PI，所以不能認(rèn)證PI”。
  法人授權(quán)委托書（經(jīng)辦人非法人的情況）：沒有模板，自行撰寫，蓋單位公章或者法人簽字都可。

• 登錄后仔細(xì)看”操作指南“

  
  
  操作指南

• 點(diǎn)擊“新建項(xiàng)目”：輸入相應(yīng)信息，項(xiàng)目負(fù)責(zé)人填課題組負(fù)責(zé)人。

  
  
  創(chuàng)建項(xiàng)目

使用范圍說明：“對(duì)外提供”一般指提供給國外團(tuán)隊(duì)（國際合作）；發(fā)表文章一般選“開放使用”，開放方式可多選，如果需要上傳至公共數(shù)據(jù)庫，同時(shí)選“論文發(fā)表”和“信息平臺(tái)共享”。

開放方式

• 創(chuàng)建后，會(huì)自動(dòng)跳轉(zhuǎn)到“項(xiàng)目列表”，點(diǎn)擊“查看”可以看到項(xiàng)目具體信息，點(diǎn)擊”添加“新建備份名稱，點(diǎn)擊“添加文件”后，可以通過“添加待上傳文件”直接通過網(wǎng)頁上傳數(shù)據(jù)，或通過“添加郵寄文件“上傳數(shù)據(jù)。

  
  
  項(xiàng)目列表
  
  
  
  
  
  
  
  

添加待上傳文件：通過網(wǎng)頁直接上傳，非常非常慢。

• 一般20天左右可以查詢到備份號(hào)(BF開頭的一段字符）（拿出追劇的熱情，每天刷一刷），這時(shí)候可以寫郵件申請(qǐng)返還硬盤，雖然對(duì)方不一定給寄，但是保持聯(lián)系總是沒錯(cuò)噠！獲得備案號(hào)后，肯定就能返回硬盤啦。

申請(qǐng)備案號(hào)

科技部政務(wù)系統(tǒng)備案： https://fuwu.most.gov.cn/ 填寫材料，需填寫備份號(hào)。
時(shí)間：大概20天
注意：測(cè)序公司最好不要選有外資的企業(yè)，否則提交是可能被認(rèn)為是國際合作，可能無法通過審核。

主要流程：

• 提前準(zhǔn)備的材料：論文原文、法人資格材料

  
  
  需提前備好

• 聯(lián)系人寫自己；負(fù)責(zé)人寫PI

• 流程：提交材料——單位科技處審核——科技部安全審查——審核通過，獲得備案號(hào)；或者被打回，根據(jù)意見修改（科技部每月開兩次會(huì)討論人遺申請(qǐng)）。

  
  
  下載蓋章后提交
  
  
  獲得備案號(hào)

數(shù)據(jù)上傳至GSA(國家信息中心、中科院基因組所數(shù)據(jù)中心 )

人遺的數(shù)據(jù)提交到GSA-human https://bigd.big.ac.cn/gsa-human/；其他數(shù)據(jù)提交到GSA即可。

• 必須用PI郵箱注冊(cè)，通過審核后用PI郵箱登錄操作（提交數(shù)據(jù)等），可以將聯(lián)系人設(shè)置為自己，這樣有任何問題工作人員會(huì)直接找聯(lián)系人。

• 聯(lián)系：加入QQ群，回復(fù)率較高，如未及時(shí)回復(fù)，私聊工作人員即可。

• 上傳：從官網(wǎng)下載最新的手冊(cè)，通過FTP上傳文件（最高可達(dá)8M/s），太大可通過郵寄上傳。

• 將數(shù)據(jù)設(shè)置為公開訪問（開放時(shí)間設(shè)置好，之后可修改延后）。

• 數(shù)據(jù)公開（共享）需要過審：要求有人遺辦的備份號(hào)、科技部的備案號(hào)。

• 僅支持部分雜志：https://bigd.big.ac.cn/gsa/statistics?active=articles

• All sequencing reads have been deposited in the Genome Sequence Archive in National Genomics Data Center, China National Center for Bioinformation / Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences, under accession number HRA000684 (http://bigd.big.ac.cn/gsa-human/s/3kUd5023) .

數(shù)據(jù)上傳至NCBI

原始測(cè)序數(shù)據(jù)（fastq）一般提交到SRA https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/submitportal/，具體根據(jù)流程來就行。不超過50G的數(shù)據(jù)可以通過FTP直接上傳，目前我所在單位有線網(wǎng)絡(luò)上傳速度為~800Kb/s，數(shù)據(jù)不多時(shí)尚可接受。勝在有可視化頁面、操作便捷。超過50G的數(shù)據(jù)，建議通過服務(wù)器用aspera上傳，勝在穩(wěn)定（如果網(wǎng)絡(luò)不斷，基本不會(huì)中途中斷）。

Note：人遺數(shù)據(jù)如果想設(shè)置為controlled access，需要上傳至dbGAP。

FTP上傳

1. 下載filezilla

2. 輸入主機(jī)、用戶名、密碼（NCBI提供的三個(gè)）。此時(shí)總是出現(xiàn)響應(yīng) 550 permission denied 錯(cuò)誤。不用管它，直接輸入NCBI給的目錄點(diǎn)開自己的本地站點(diǎn)目錄。

3. 右鍵文件上傳，上傳后注意檢查文件大小，有時(shí)網(wǎng)絡(luò)中斷導(dǎo)致文件上傳不完整，需要重新上傳（親測(cè)無法續(xù)傳）。

4. 上傳完后關(guān)閉filezilla即可。

aspera命令行上傳[網(wǎng)上搜得攻略，未實(shí)操]

1. 下載aspera connect軟件安裝

2. 開始菜單搜索cmd，打開

3. 打開顯示C:\Windows\system32，光標(biāo)一直在后面，重啟下一行還是。所以之后加一個(gè) cd D:/，切換到存儲(chǔ)aspera的那個(gè)盤（此處要搜索aspera安裝在哪里，找到bin文件夾），切換到子文件夾目錄，直接接子文件夾目錄名

4. 用cd命令切換到aspera connect\bin5. 完成后輸入NCBI讓輸入的命令行，

   ascp -i <path/to/key_file> -QT -l100m -k1 -d <path/to/folder/containing files>subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/xxxx

   中間不用另起一行，直接接著文件夾名后輸入l100m中的l是小寫的L（這個(gè)嘗試了好久）輸入完成后回車，文件即自動(dòng)上傳。

廢棄選項(xiàng)：國家人口健康科學(xué)數(shù)據(jù)中心

國家人口健康科學(xué)數(shù)據(jù)中心 （中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院生物醫(yī)學(xué)大數(shù)據(jù)中心）https://www.ncmi.cn/phda/submit.html

2017年成立，到現(xiàn)在仍然是個(gè)鳥樣。英文版竟然還沒有上線。

“其他來源數(shù)據(jù)匯交”：提交數(shù)據(jù)，可設(shè)置公開時(shí)間和共享方式（如協(xié)議共享）。