很久沒有復(fù)現(xiàn)作圖了，今天我們復(fù)現(xiàn)一篇NC文章中的一個小圖，是一個小提琴圖。小提琴圖之前我們做過很多了，這個小提琴圖卻是有一點別具一格，主要在于顯示中位數(shù)與sd的形式上。
原文鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41467-022-32283-3/figures/2要復(fù)現(xiàn)的圖（左）與我們復(fù)現(xiàn)的結(jié)果（右）如下：
image.png
本文所用到的數(shù)據(jù)和注釋代碼已上傳群文件?。?！更多精彩內(nèi)容請至我的公眾號---KS科研分享與服務(wù)
接下來正式作圖，前期比較中規(guī)中矩，修改顏色，stat_summary函數(shù)設(shè)置不同展示形式的小提琴圖！
setwd("D:/KS項目/公眾號文章/復(fù)現(xiàn)NC小提琴圖")
A <- read.csv("C30.csv", header = T)
library(ggplot2)
colorder = c('#1A9E76','#D95F02')
ggplot(A,aes(x=cluster,y=value,fill=cluster))+
geom_violin(width =0.8,color='black',size=1)+
theme_classic() +
theme(text = element_text(size=10, colour = "black")) +
theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5, size = 15),
axis.text.x = element_text(colour = "black", size = 12),
axis.text.y = element_text(colour = "black", size = 10),
axis.title.y = element_text(color = 'black', size = 12),
axis.line = element_line(size = 1))+
labs(title = "", y = "Inferred abundance (C30)", x=" ") +
theme(legend.position="none") +
stat_summary(fun.data = "mean_sdl", fun.args = list(mult = 1),
geom = "pointrange", color = "black", size=1)+
scale_fill_manual(values = colorder)
image.png
做到這里，并不是我們這篇推文的目的，我們推文每一篇力求涉及一個小知識點，大家多個帖子看的多了，互通有無，互相總結(jié)，大多數(shù)內(nèi)容使用起來也就得心應(yīng)手了！可以看到，x軸標(biāo)簽和原文圖不一樣。這也正是我們要學(xué)習(xí)的：修改x軸標(biāo)簽和上標(biāo)的問題。
ggplot(A,aes(x=cluster,y=value,fill=cluster))+
geom_violin(width =0.8,color='black',size=1)+
theme_classic() +
theme(text = element_text(size=10, colour = "black")) +
theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5, size = 15),
axis.text.x = element_text(colour = "black", size = 12),
axis.text.y = element_text(colour = "black", size = 10),
axis.title.y = element_text(color = 'black', size = 12),
axis.line = element_line(size = 1))+
labs(title = "", y = "Inferred abundance (C30)", x=" ") +
theme(legend.position="none") +
stat_summary(fun.data = "mean_sdl",fun.args = list(mult = 1),
geom = "pointrange", color = "black", size=1)+
scale_fill_manual(values = colorder)+
scale_x_discrete(labels=c(expression(TLS^"low"),
bquote(TLS^"high")))
image.png
image.png
這樣就完美復(fù)現(xiàn)了，至于統(tǒng)計分析和添加顯著性，這里就不說了，之前大量推文涉及這個問題，可自行學(xué)習(xí)!
