一、Miniconda是什么
Miniconda是一款日常生信使用小而精的軟件下載器。類似于應(yīng)用商店，可以快捷地下載相應(yīng)的軟件。
二、Miniconda的安裝下載
首先在Anaconda的清華鏡像站選取合適的版本下載。（注意有for Windows, for Linux, For IOS的區(qū)別）
然后通過(guò)wget命令，通過(guò)wget 復(fù)制的下載鏈接來(lái)進(jìn)行腳本安裝。（sh后綴是腳本）
腳本下載完成后，即使之后的安裝失敗，也不需要重新下載腳本。
之后使用bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh來(lái)進(jìn)行安裝。反正就是各種同意各種回車?yán)病Ｔ偈褂?code>source ~/.bashrc來(lái)進(jìn)行激活。（通過(guò)輸入conda來(lái)檢測(cè)，如果出來(lái)一大堆就是成功啦）
最后我們需要添加鏡像。（有清華原和USTC兩個(gè)選擇）
清華源的是：
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
USTC源的是：
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
bfsu源的是：
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
PS：如果下錯(cuò)了，可以用rm ~/.condarc刪除鏡像重來(lái)。
三、Miniconda的基本使用
1.conda list用來(lái)查看服務(wù)器所安裝的軟件列表。
2.conda search （軟件名）用來(lái)搜索軟件。
3.conda install fastqc -y用來(lái)下載軟件（如fastqc）。當(dāng)我們想精確地下載某個(gè)版本的時(shí)候，我們需要使用conda install fastqc=0.11.7 -y來(lái)進(jìn)行操作。
4.conda remove fastqc -y用來(lái)卸載軟件。
5.conda info --envs用來(lái)查看當(dāng)前有哪些環(huán)境。（帶*號(hào)的為當(dāng)前所處環(huán)境，即默認(rèn)環(huán)境）
四、高級(jí)操作
我們可以在需要時(shí)下載高級(jí)應(yīng)用和環(huán)境。比如：我們要進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)處理，我們應(yīng)該先建立一個(gè)叫rnaseq的conda環(huán)境，然后指定python版本是3，安裝軟件fastqc、trimmomatic（可以一步完成）
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
此時(shí)查看環(huán)境，會(huì)發(fā)現(xiàn)多了一個(gè)叫做rna-seq的環(huán)境，但默認(rèn)環(huán)境仍然為base。
此時(shí)，我們就可以激活這個(gè)環(huán)境，默認(rèn)的*就會(huì)轉(zhuǎn)移到新環(huán)境中，且用戶名root前會(huì)顯示新環(huán)境名。
conda activate rna-seq
如果想退出新環(huán)境，可以輸入以下命令退出。
conda deactivate
