網(wǎng)上有很多其他做survey的教程，有的還很詳細，但大多都很老了，感覺對現(xiàn)在來說并不適用，所以總結(jié)出我覺得現(xiàn)在比較好的一個方法吧。
總共只需兩個軟件 jellyfish和Genome scope
一般二代測50X的數(shù)據(jù)，得到下機數(shù)據(jù)后（兩個fq文件）
1. 先用jellyfish得到kmer頻率的數(shù)據(jù)，一個histo文件（網(wǎng)上有很多jellyfish的使用教程）
2. 再用Genome scope 輸入jellyfish輸出的kmer數(shù)據(jù)，輸出kmer分布圖（如下圖），基因組大?。╨en）、雜合度（het）、重復(fù)序列比例（1-uniq）等信息。
