寫在前面
很久很久以前，我期望通過插件模式讓 TBtools 成為更多老師在生信數(shù)據(jù)分析中的得力助手。插件模式開放到現(xiàn)在，也是一年有余，期間我還是做了一些工作：
- 開放并完成 TBtools 插件模式，用戶通過 Install Plugin 安裝
- 軟件分發(fā)相對低效，于是我開發(fā) TBtools 插件商店，Plugin Store
- 盡管有插件商店，但依賴于我個(gè)人的小服務(wù)器，帶寬太小，于是我做了優(yōu)化，開發(fā)了，Plugin Store at High Speed
- 從 TBtools 開發(fā)起（2015年），我就希望，所有人都能來做一些貢獻(xiàn)，我想過很多很多方案，最終測試了下 R Plugin 模式，讓所有人都能在 TBtools 中分發(fā)自己撰寫的 R 語言腳本，簡單的配置文件編寫，TBtools 即可自動(dòng)輔助打包成界面化工具，插件使用人員不需要了解甚至知道 R 語言。
- 幾個(gè)老鐵做了20多個(gè) TBtools R Plugin，付出了很多，其中部分插件為 ShinyApp，于是我優(yōu)化了 R Server Plugin，讓其支持 ShinyApp
- 為了保護(hù)部分老鐵的 R 程序權(quán)益，我更進(jìn)一步，開發(fā)的 R 腳本加密模式，當(dāng)然，這個(gè)后面沒有真正用起來
終于，我們還是積累了一些 TBtools R Plugin 的用戶，而他們常常會(huì)遇到一個(gè)問題，那就是 TBtools 的 R 插件本身是 R 腳本，而每一個(gè) R 功能，幾乎都會(huì)依賴于一些 R 包。用戶在第一次使用時(shí)，需要等到腳本自動(dòng)處理好依賴包下載。帶來的問題就是.... 網(wǎng)絡(luò)問題常常導(dǎo)致 R 包安裝失敗。
安裝失敗，自然就用不了。這不是我們所期望，但確實(shí)我們的無奈。解決辦法不是沒有，只是稍顯麻煩。我早前已經(jīng)摸索出一些方式，但一直沒時(shí)間整理。
這兩日，看到 TBtools 老鐵又寫了兩三個(gè) TBtools R Plugin，多少覺得不能辜負(fù)大伙的努力和付出。有必要完成原本的設(shè)想：讓 TBtools R Plugin 沒有安裝失敗的可能。
R Plugin Installation Helper 簡單介紹
于是，我還是花了一個(gè)中午的時(shí)間，開發(fā)出來了 R 插件安裝助手這一插件。
如果是高速插件商店安裝，那么需要重啟一下 TBtools。安裝完成后，從插件菜單打開該插件即可
使用 R 插件安裝助手
比如我們要進(jìn)行基因差異表達(dá)分析，使用這一插件（可以是安裝前，也可以是安裝后）
當(dāng)你第一次使用失敗時(shí)（當(dāng)然你可以不管，直接去安裝下面的 MetaPluginR），從報(bào)錯(cuò)信息常常很可能看得出來是否是 R 依賴包安裝不全。如果是這樣，那么就用 R Plugin Installation Helper。
首先需要下載對應(yīng)的 Meta Package。
# 對于 Windows 用戶，下載鏈接為
https://tbtools.cowtransfer.com/s/436dba652f434b
# 對于 MacOS 用戶，下載鏈接為
https://tbtools.cowtransfer.com/s/64c985fce6e84f
可以下載到 DESeq2.Win64.MetaPluginR
直接進(jìn)行安裝即可
完成！
注意到，對于 Windows 用戶，這個(gè)安裝完成，那么 DESeq2 進(jìn)行基因差異表達(dá)分析插件就絕對不存在安裝問題了。如果還有問題，那么一定是輸入文件格式問題。
對于輸入文件格式，建議參考
Demo Data摁鈕彈出的文件。
寫在最后
我們，一直被模仿，從未被超越。
