前言：
這是一篇可以歸納與純生信的文章，做轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析都適用學(xué)習(xí)，基礎(chǔ)型文章。這篇文章發(fā)表期刊：MBC Genomics，屬于二區(qū)期刊。我大體看了一些文章，內(nèi)容算是比較簡(jiǎn)單的，主要亮點(diǎn)還是他們自己構(gòu)建一個(gè)鑒定LncRNA，Novel mRNA及CircRNA的自動(dòng)化分析工具（NLncCirSmk）。本文中共鑒定了12817個(gè)lncRNA和8320個(gè)novel mRNA，并對(duì)差異lncRNAs進(jìn)行WGCNA分析，挖掘出5個(gè)關(guān)鍵的lncRNAs，構(gòu)建由lncRNA-MSTRG.8888.1介導(dǎo)的玉米鹽耐性調(diào)控通路等相關(guān)分析，同時(shí)還發(fā)現(xiàn)MSTRG.8888.1受上游miR827的調(diào)控。詳情可以查看原文，代碼部分可以查看GitHub中的相關(guān)介紹。
本人從學(xué)生信開始也是做lncRNAs分析，從最開始的生信平臺(tái)的搭建（服務(wù)器平臺(tái)環(huán)境搭建）都是自己完成的。確實(shí)是走過很多的彎路，記憶最深的是剛開始自己不會(huì)安裝服務(wù)器的軟件，左磨右泡的弄了很長(zhǎng)時(shí)間。我看到這篇文章GitHub中的相關(guān)教程，對(duì)初學(xué)者還是比較友好的。因此，推薦大家到GitHub中詳細(xì)查看相關(guān)教程。

代碼GitHub：https://github.com/Alipe2021/NLncCirSmk
文章題目：Integrated analysis of long non-coding RNAs and mRNAs reveals the regulatory network of maize seedling root responding to salt stress

視頻網(wǎng)址：
01-- 文獻(xiàn)分享 | 長(zhǎng)鏈非編碼RNAs(lncRNAs)分析流程 | 轉(zhuǎn)錄組分析流程 - 知乎
02-- 文獻(xiàn)分享 | 長(zhǎng)鏈非編碼RNAs(lncRNAs)分析流程 | 轉(zhuǎn)錄組分析流程-公眾號(hào)

“小杜的生信筆記” 公眾號(hào)、知乎、簡(jiǎn)書平臺(tái)，主要發(fā)表或收錄生物信息學(xué)的教程，以及基于R的分析和可視化（包括數(shù)據(jù)分析，圖形繪制等）；分享感興趣的文獻(xiàn)和學(xué)習(xí)資料！