【小腳本】統(tǒng)計(jì)各個(gè)cluster的細(xì)胞數(shù)和細(xì)胞比例

Count2Ratio<-function(sam){
  df<-(t(table(sam@meta.data[c('orig.ident', 'seurat_clusters')])))
  df<-as.data.frame(df)
  df<-dcast(df, seurat_clusters~orig.ident)
  write.table(df, file='./count.xls', sep='\t', quote=F, row.names=F)
  
  for(col in colnames(df)){
    if(col=='seurat_clusters'){
      next
    }
    print(col)
    # all_sum = sum(df[col])
    # print(df[col])
    df[col]<-prop.table(df[col])
  }
  write.table(df, file='./ratio.xls', sep='\t', quote=F, row.names=F)
}
?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請(qǐng)聯(lián)系作者
【社區(qū)內(nèi)容提示】社區(qū)部分內(nèi)容疑似由AI輔助生成,瀏覽時(shí)請(qǐng)結(jié)合常識(shí)與多方信息審慎甄別。
平臺(tái)聲明:文章內(nèi)容(如有圖片或視頻亦包括在內(nèi))由作者上傳并發(fā)布,文章內(nèi)容僅代表作者本人觀點(diǎn),簡(jiǎn)書系信息發(fā)布平臺(tái),僅提供信息存儲(chǔ)服務(wù)。

友情鏈接更多精彩內(nèi)容