現(xiàn)在大家都知道:生信需要結(jié)合新熱點(diǎn)才比較好發(fā)表,誰(shuí)能第一時(shí)間把熱點(diǎn)做出來(lái),誰(shuí)就能獲得發(fā)表的優(yōu)勢(shì)。一般熱點(diǎn)在腫瘤應(yīng)用得比較多,非腫瘤很少用到,做非腫瘤的粉絲經(jīng)常會(huì)這樣問道:現(xiàn)在什么熱點(diǎn)適合做生信?找到了熱點(diǎn)之后,如何在非腫瘤中應(yīng)用?
現(xiàn)在來(lái)告訴你答案,非腫瘤除了可以做銅死亡、m7G熱點(diǎn)外,還可以做染色劑調(diào)節(jié)因子這個(gè)熱點(diǎn)。
什么是染色質(zhì)調(diào)節(jié)因子?
染色質(zhì)調(diào)節(jié)因子(CRs)是一類具有特殊功能結(jié)構(gòu)域的酶,能夠以細(xì)胞環(huán)境依賴的方式識(shí)別,形成和維持表觀遺傳狀態(tài) 。CRs是表觀遺傳學(xué)不可或缺的上游調(diào)節(jié)因子。 根據(jù)表觀遺傳學(xué)中的調(diào)控作用,CRs 通常分為三大類:DNA 甲基化、組蛋白修飾和染色質(zhì)重塑因子。CRs的異常表達(dá)與炎癥、細(xì)胞凋亡、自噬和增殖等多種生物學(xué)過程有關(guān),這表明CRs的失調(diào)可能導(dǎo)致包括癌癥在內(nèi)的多種疾病的發(fā)展。因此, CRs有望成為多種疾病治療的新靶點(diǎn)。
具體怎么樣做呢?我來(lái)教你,具體步驟如下:
第一步,提取染色質(zhì)調(diào)節(jié)因子相關(guān)的基因(CRs)

第二步,進(jìn)行差異分析,得到差異的CRs

第三步,對(duì)差異的CRs進(jìn)行GO、KEGG、DO富集分析

第四步,對(duì)差異的CRs進(jìn)行PPI分析并且篩選hub基因

第五步,利用ssGSEA算法獲取相關(guān)的免疫細(xì)胞和免疫功能浸潤(rùn)矩陣,并且繪制相關(guān)的熱圖

第六步,進(jìn)行免疫細(xì)胞、免疫功能之間的相關(guān)性分析

第七步,對(duì)免疫細(xì)胞、免疫功能進(jìn)行差異分析

第八步,進(jìn)行hub基因與免疫細(xì)胞、免疫功能的相關(guān)性分析,并且篩選出與免疫最相關(guān)的hub基因(IHGs)

第九步,利用IHGs構(gòu)建模型,并且繪制列線圖、ROC曲線、校準(zhǔn)圖



第十步,預(yù)測(cè)IHGs相關(guān)的藥物

第十一步,預(yù)測(cè)IHGs相關(guān)的miRNA
