如果自己研究的領(lǐng)域已經(jīng)發(fā)表了文章，
又是同一種疾?。?/b>
如何設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)才能讓自己的文章“脫穎而出”呢？
接下來，小編就以2022年2月3日在皮膚病領(lǐng)域排名第一的雜志?Journal of Investigative Dermatology?上發(fā)表的一篇利用 10x 單細(xì)胞關(guān)聯(lián) 10x Visium 空間轉(zhuǎn)錄組測序的文章開始總結(jié)一下最近關(guān)于瘢痕疙瘩的單細(xì)胞及空間的3篇研究報(bào)道吧！
瘢痕疙瘩，俗稱疤痕疙瘩，是皮膚傷口愈合或不明原因所致皮膚損傷愈合后所形成的過度生長的異常瘢痕組織，是一種良性皮膚纖維化疾病，但具有與惡性腫瘤相似的特征。瘢痕疙瘩缺乏藥物治療，治療仍然是一個(gè)挑戰(zhàn)，因此研究其致病機(jī)制對該疾病的精準(zhǔn)治療具有非常重要的意義。
單細(xì)胞測序技術(shù)的最新進(jìn)展增強(qiáng)了我們對瘢痕疙瘩和其他纖維化疾病的理解，空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的迅速發(fā)展對于我們獲取細(xì)胞的空間位置并理解細(xì)胞相互作用和通信至關(guān)重要。
1、單細(xì)胞結(jié)合空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)揭示瘢痕疙瘩發(fā)病潛在機(jī)制
Integrated analysis of single-cell and spatial transcriptomics in keloids: Highlights on
fibro-vascular interactions in keloid pathogenesis
【發(fā)表期刊】J Invest Dermatol.
【影響因子】8.551
【發(fā)表時(shí)間】2022年2月
【發(fā)表單位】韓國成均館大學(xué)
【實(shí)驗(yàn)技術(shù)】10x 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序，Visium 空間轉(zhuǎn)錄組測序，mIF 等
【實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)】2例瘢痕疙瘩皮膚組織 vs 5例健康皮膚組織（單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組）；1例瘢痕疙瘩皮膚組織 vs 配對成熟疤痕組織（單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組）；2例瘢痕疙瘩皮膚組織 vs 2例健康皮膚組織（空間轉(zhuǎn)錄組）；
研究背景
瘢痕疙瘩是一種由異常傷口愈合引起的纖維增生性皮膚疾病，導(dǎo)致血管過多和細(xì)胞外基質(zhì)（ECM）成分的過度沉積。該疾病復(fù)發(fā)率高，臨床治療結(jié)果欠佳且難以管理。迄今為止，瘢痕疙瘩的發(fā)病機(jī)制已被廣泛報(bào)道。然而，其纖維化失調(diào)的潛在機(jī)制仍然很大程度上未知。
研究思路
研究結(jié)論
1、研究對2例瘢痕疙瘩病人的皮膚組織及5例健康皮膚組織的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果進(jìn)行整合，降維分群及亞群定義；
2、研究重點(diǎn)對成纖維細(xì)胞（FB）進(jìn)行 recluster，對 subcluster 進(jìn)行 Monocle3 擬時(shí)間分析，對瘢痕疙瘩特異來源的成纖維細(xì)胞（FB1 和 FB2）及正常皮膚來源的成纖維細(xì)胞（FB4）進(jìn)行差異基因分析，并進(jìn)行 GO 及 GSEA 分析；
3、研究使用2種細(xì)胞通訊方法—CellphoneDB 及 NicheNet 分析 FB 與 EC 細(xì)胞通訊，發(fā)現(xiàn)瘢痕組織中 FB 與 EC 的通訊顯著密集；
4、研究選擇瘢痕疙瘩（n=2，其中一例與單細(xì)胞為同一來源）及正常皮膚（n=2）進(jìn)行空間轉(zhuǎn)錄組測序分析，分析了 FB1 和 FB2 在空間中的分布，強(qiáng)調(diào)了纖維血管在瘢痕形成中的重要角色；
5、研究對內(nèi)皮細(xì)胞（EC）進(jìn)行 recluster，對瘢痕疙瘩特異來源的內(nèi)皮細(xì)胞（EC3）及正常皮膚來源的內(nèi)皮細(xì)胞進(jìn)行差異基因分析，發(fā)現(xiàn) EC3 具有間質(zhì)激活特性；并結(jié)合 mIF 實(shí)驗(yàn)及 ST 實(shí)驗(yàn)結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證；
6、研究選擇一例患者同時(shí)獲取其瘢痕疙瘩組織及成熟傷疤組織，進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄測序，進(jìn)一步驗(yàn)證了前期基于瘢痕組織 vs 正常組織差異分析得到的結(jié)論，即：纖維細(xì)胞（FB）?–血管通訊和內(nèi)皮細(xì)胞（EC）的間充質(zhì)激活在瘢痕疙瘩發(fā)病中具有重要的潛在作用。
2、單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序揭示瘢痕疙瘩中成纖維細(xì)胞和血管內(nèi)皮細(xì)胞的譜系特異性調(diào)節(jié)變化
Single-Cell RNA-Sequencing Reveals Lineage-Specific Regulatory Changes of Fibroblasts and Vascular Endothelial Cells in Keloids.
【發(fā)表期刊】J Invest Dermatol.
【影響因子】8.551
【發(fā)表時(shí)間】2022年1月
【發(fā)表單位】北京協(xié)和醫(yī)院整形外科
【實(shí)驗(yàn)技術(shù)】10x 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序
【實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)】4例瘢痕疙瘩病人的皮膚組織 vs?4例配對的健康皮膚組織
研究背景
盡管瘢痕疙瘩被歸類為良性真皮生長，但它們表現(xiàn)出與惡性腫瘤相似的生物學(xué)特征，例如過度增殖、細(xì)胞凋亡抗性和侵襲。瘢痕疙瘩給患者帶來嚴(yán)重的生理和心理負(fù)擔(dān)。盡管目前正在使用多種療法，但就高復(fù)發(fā)率和缺乏藥物療法而言，瘢痕疙瘩仍然是治療挑戰(zhàn)。這部分是由于對瘢痕疙瘩發(fā)病機(jī)制的不完全了解，因此徹底了解瘢痕疙瘩發(fā)病機(jī)制的細(xì)胞和分子機(jī)制將有助于開發(fā)針對該疾病的藥物療法。
研究思路
研究結(jié)論
3、單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組揭示人類纖維化皮膚病的發(fā)病機(jī)制
Single-cell RNA-seq reveals fibroblast heterogeneity and increased mesenchymal fibroblasts in human fibrotic skin diseases.
【發(fā)表期刊】Nature Communications
【影響因子】14.919
【發(fā)表時(shí)間】2021年6月
【發(fā)表單位】南方醫(yī)科大學(xué)；中山大學(xué)
【實(shí)驗(yàn)技術(shù)】10x 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序
【實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)】3例瘢痕疙瘩病人疤痕組織 vs 3例正常疤痕組織
研究思路
小編點(diǎn)評
這三篇都是研究研究瘢痕疙瘩的單細(xì)胞相關(guān)文章，相同之處是文章使用的都是皮膚組織，case 組都選擇使用瘢痕疙瘩處的皮膚組織，但 control 組的選擇卻有不同：有使用同一批病人配對的正常皮膚組織（第二篇）或配對的成熟傷疤皮膚組織（第一篇），有使用其他健康皮膚組織（第一篇），也有選擇其他人成熟（正常）傷疤皮膚組織的（第三篇）。實(shí)驗(yàn)技術(shù)也不同，第2篇和3篇只使用了單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序，第一篇卻同時(shí)還選擇了更新的空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)。
除了以上不同點(diǎn)，還有幾處是很相似的，比如（1）文章都重點(diǎn)關(guān)注成纖維細(xì)胞（FB）及（血管）內(nèi)皮細(xì)胞(EC)，并進(jìn)行了 recluster；（2）對 FB 及 EC 的 subcluster 都進(jìn)行分子特征描述，差異基因分析，GO/GSEA 富集分析，Monocle2/3 擬時(shí)間分析，細(xì)胞通訊分析；（3）都有使用其他技術(shù)對單細(xì)胞所得結(jié)果進(jìn)行了驗(yàn)證，使用 mIF 或 IF。
所以，不要太擔(dān)心自己研究的領(lǐng)域已經(jīng)發(fā)表了文章，即使是同一種疾病，只要實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)別出“一點(diǎn)”心裁，照樣可以持續(xù)發(fā)表高質(zhì)量的文章！
參考文獻(xiàn)
1.?Shim J, Oh SJ, Yeo E, Park JH, Bae JH, Kim SH, Lee D, Lee JH. Integrated analysis of single-cell and spatial transcriptomics in keloids: Highlights on fibro-vascular interactions in keloid pathogenesis.?J Invest Dermatol. 2022 Feb3: S0022-202X(22)00085-9. doi: 10.1016/j.jid.2022.01.017. Epub ahead of print. PMID: 35123990.
2. Liu X, Chen W, Zeng Q, Ma B, Li Z, Meng T, Chen J, Yu N, Zhou Z, Long X. Single-Cell RNA-Sequencing Reveals Lineage-Specific Regulatory Changes of Fibroblasts and Vascular Endothelial Cells in Keloids.?J Invest Dermatol. 2022 Jan;142(1): 124-135.e11. doi: 10.1016/j.jid.2021.06.010. Epub 2021 Jul 7. PMID: 34242659.
3. Deng, CC., Hu, YF., Zhu, DH.?et al.?Single-cell RNA-seq reveals fibroblast heterogeneity and increased mesenchymal fibroblasts in human fibrotic skin diseases.Nat Commun12,?3709 (2021).https: //doi.org/10.1038/s41467-021-24110-y.
