一 docker介紹

百度百科上的介紹：Docker ，其實用通俗簡單的話來講，就是在你的系統(tǒng)上創(chuàng)建了一個應(yīng)用程序級別的操作系統(tǒng)，僅使用你系統(tǒng)的硬件資源，不改變系統(tǒng)的環(huán)境配置。然后呢，你可以打包你應(yīng)用程序的操作環(huán)境到這個容器中進行發(fā)布。并且，docker是開源的（果然，白嫖才是最大的前進動力）。

二 linux系統(tǒng)上的docker配置及鏡像安裝

首先，在系統(tǒng)上安裝docker

其次，下載鏡像文件（這里需要注意，直接下載容易被墻，因此需要通過一些鏡像網(wǎng)站下載，并且建議選擇網(wǎng)速最好的時候下載，且可能多次下載才能完成）

docker?pull?cgwyx/alphafold

之后，你需要通過docker images命令查看你安裝的鏡像id

隨后，進入docker鏡像中

docker?run?-i?-t?ee9f0f521043?/bin/bash

如需使用系統(tǒng)的GPU進行運算需要增加參數(shù)--rm?--gpus?all

docker?run?--rm?--gpus?all?-i?-t?ee9f0f521043?/bin/bash

再隨后，即進入對應(yīng)的docker鏡像中

接著，就可以在docker中體驗alphafold的魅力啦（可能也需要安裝特定的依賴，因此說到底docker就是提供一種類似虛擬機的東西，并且會在每一次運行結(jié)束后恢復(fù)到初始狀態(tài)）

三 慣例小結(jié)

docker有優(yōu)點也有缺點，優(yōu)點就是可以創(chuàng)造一個完全隔離主機的環(huán)境，缺點的話就是每次用一個新docker image，都可能面臨著需要重新安裝部署環(huán)境的勞動。至于docker好與不好，不做判斷，重點是在于你如何使用它。特別建議大的程序環(huán)境還是使用docker為妙，否則像conda破壞了環(huán)境導(dǎo)致結(jié)果無法重現(xiàn)，可能更讓人難受。

另外，進一步推廣一下我開發(fā)的相關(guān)軟件，Multi-omics Hammer軟件和Multi-omics Visual軟件，也歡迎大家關(guān)注并多提意見，詳細(xì)的話可以見個人主業(yè)介紹。

以下為自研軟件地址：

Multi-omics Hammer軟件地址：https://github.com/wangjun258/Multi-omics-Hammer

Multi-omics Visual軟件地址：https://github.com/wangjun258/Multi_omics_Visual