寫在前面

數(shù)日前，在生信札記微信群中，有一人問如何畫一個(gè)略丑的圖片

從圖片來看，即小RNA的reads展示在染色體上，并用長度做可視化。這個(gè)需求，其實(shí)拿起任何一門語言，手寫一個(gè).svg就可以搞定了。只是讀取read alignment數(shù)據(jù)想想比較辛苦。有比較便捷的方式，那么就是直接使用JBrowser。
我們課題組前面的New Phytologist發(fā)表的那個(gè)文章，在某次審稿過程中，審稿人要求看數(shù)據(jù)（正常要求之一，即使我們已經(jīng)給了accession num）。最終就是直接用JBrowser快快安了一個(gè)插件，并返修（然而....，所以后面走到NewP...當(dāng)然這個(gè)跟JBrowser其實(shí)沒有聯(lián)系）。

年代久遠(yuǎn)，早已找不回來那個(gè)圖了（畢竟感覺一般）。
不過，在這個(gè)更早的事情，那會(huì)才與現(xiàn)在導(dǎo)師認(rèn)識，我們便做了一個(gè)事情，即直接改IGV的源碼，以實(shí)現(xiàn)某些功能，其中一個(gè)并沒有什么意義的功能，事實(shí)就是這個(gè)。
圖中，紅色，藍(lán)色，綠色，橙色，灰色 分別對應(yīng) 20-24 nt 的reads

今天推這個(gè)帖子，就是想說，其實(shí)這個(gè)很簡單。有基本的編程功底，一下子就實(shí)現(xiàn)了。

下載IGV的源碼

直接到github下載.zip文件，隨后解壓
https://github.com/igvteam/igv/
下載IGV源碼的主要原因在于...確實(shí)方便....

安裝IntelliJ IDEA

下載并安裝社區(qū)版本即可
https://www.jetbrains.com/idea/
安裝IntelliJ的主要原因是，從github上來看，IGV開發(fā)群體，似乎就是用的IntelliJ（雖然我還是用Netbeans...業(yè)余無解）
事實(shí)上，寫Java多數(shù)人都知道，IntelliJ其實(shí)是最好的Java開發(fā)IDE。

導(dǎo)入IGV項(xiàng)目

解壓IGV的源碼項(xiàng)目安裝包之后，直接從IntelliJ導(dǎo)入Project即可

找到并修改源碼

隨后稍微看下源碼，很快可以找到....

image.png

或許是因?yàn)槲抑耙呀?jīng)嘗試自己設(shè)計(jì)，從零寫起兩個(gè)基因組瀏覽器，基本是拿不出手，最后先放下。但是失敗的經(jīng)驗(yàn)也是經(jīng)驗(yàn)，我發(fā)現(xiàn)，我的思路和實(shí)現(xiàn)邏輯總是跟其他一些軟件的實(shí)現(xiàn)邏輯是類似的，說明我的設(shè)計(jì)是沒問題的。Anyway，反正很容易就找到了AlignmentReader這個(gè)類，加了幾行代碼。

構(gòu)建并打包

修改好之后，直接Build（Build的這一步...如果是直接用Netbeans，那么需要解決一些Test類的路徑問題，直接用IntelliJ則不會(huì)有問題）
<用JDK8的話，exclude java9 相關(guān)的碼，或者是...刪除即可>

基于官網(wǎng)的說明，直接使用gradle在源碼主目錄，命令行環(huán)境打包即可

隨后，即可直接得到改造過的IGV

寫在后面

總的來說....確實(shí)只要一點(diǎn)點(diǎn)編程基礎(chǔ)，就可以自己改造出一個(gè)自己需要的IGV....
當(dāng)然，這個(gè)或許跟編程學(xué)習(xí)一樣，稍微寫寫是很簡單的，寫好了太難。也跟生信分析是一樣的，稍微做做，人人都會(huì)（做或者教）。但是深入的分析，則完全不同。
接觸這個(gè)困境，或許對于做生物學(xué)問題的人來說，

1. 合作
2. 跑跑流程，從生物學(xué)的視角審視結(jié)果，解讀結(jié)果。