autodock vina
下載地址
1、解壓安裝包
chomd +x vina
chomd +x vina_split
2、環(huán)境變量設(shè)置
autodock
export PATH=$PATH:/efs/software/autodock_vina_1_1_2_linux_x86/bin
保存退出后
source ~/.bashrc
mgltools
下載地址（http://mgltools.scripps.edu/downloads/previous-releases/mgltools-1-5.4）
1、解壓安裝包
mgltools_x86_64Linux2_1.5.6.tar.gz進(jìn)行解壓，這里軟件包是壓縮與打包同時存在所以使用tar –zxvf 來解壓解包。
tar -zxvf mgltools_x86_64Linux2_1.5.6.tar.gz
2、 運(yùn)行安裝
cd mgltools_x86_64Linux2_1.5.6
./install.sh
安裝完成之后會提示設(shè)置環(huán)境變量，選擇合適你自己的系統(tǒng)的環(huán)境變量設(shè)置。
3、環(huán)境變量設(shè)置
在linux下面安裝軟件之后基本上都需要自己設(shè)置環(huán)境變量，將需要使用到的可執(zhí)行文件夾加入到PATH中，將庫文件加入到LD_LIBRARY_PATH 中，而頭文件需要加入到 INCLUDE_PATH 中，幫助文件也稱為MAN文件有的話也可以加入到MANPATH 中。這里需要將可執(zhí)行文件夾路徑加入到PATH中，同時需要調(diào)用設(shè)置好了的啟動初始化腳本程序initMGLtools.sh 。當(dāng)然這里和很多軟件不同之處是需要設(shè)置別名，及使用一個名稱調(diào)用的是對應(yīng)的可執(zhí)行文件。如這里的pmv調(diào)用的就是/efs/software/Y/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/bin/pmv 可執(zhí)行文件。注意這里使用了單引號，單引號中間是無法設(shè)置變量調(diào)用的，所以一定要使用絕對路徑。
vi ~/.bashrc
MGLTools
export PATH=/efs/software/Y/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/bin:$PATH
alias pmv='/efs/software/Y/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/bin/pmv'
alias adt='/efs/software/Y/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/bin/adt'
alias vision='/efs/software/Y/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/bin/vision'
alias pythonsh='/efs/software/Y/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/bin/pythonsh'
source /efs/software/Y/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/initMGLtools.sh
保存退出后
source ~/.bashrc
Raccoon
下載地址
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sudo apt-get install python3-tk
sudo apt-get install tk-dev
raccoon
alias raccoon='/efs/software/Y/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/bin/pythonsh /efs/software/Y/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/bin/raccoon.py'
保存退出后
source ~/.bashrc
