RNA-SEQ(七):TBtools做GO富集分析及R中的可視化

題目:對(duì)DEseq2差異分析得到的差異基因進(jìn)行GO富集。

目的:旨在對(duì)基因和蛋白質(zhì)功能進(jìn)行限定和描述的。

內(nèi)容
1. 下載GO注釋背景文件,準(zhǔn)備好需要富集的基因列表。

2. 將數(shù)據(jù)上傳到TBtools中進(jìn)行基因富集。

數(shù)據(jù):進(jìn)一步篩選得到的差異基因列表。

工具:TBtools。

步驟:

  1. 打開(kāi)TBtools軟件,找到GO enrichment。
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2.在1處可以點(diǎn)下方download在線下載go-basis.obo文件,并上傳。2處上傳下載好的GO注釋背景文件。3處粘貼富集需要的基因列表。然后選擇結(jié)果文件的儲(chǔ)存位置,就可以按下start按鈕進(jìn)行富集。

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結(jié)果:

富集得到如下的結(jié)果文件。表格中是D2天上調(diào)基因富集到的結(jié)果,包括分子功能,生物學(xué)過(guò)程,細(xì)胞組分三部分。根據(jù)p<0.05進(jìn)行了篩選,得到的是誤差符合要求的通路。


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