首先非常感謝Cj大神開發(fā)出來的TBtools生信工具，為生信分析做圖帶來了極大的便利。作為生信小白，在做多物種間共線性分析時(shí)，嘗試了多種方法，苦于沒有計(jì)算機(jī)基礎(chǔ)，一直沒能完成，最后鎖定TBtools的零命令行作圖，幾經(jīng)摸索，終于成功，賊開心。
話不多說先上效果圖
一、準(zhǔn)備工作
1.下載各個物種的.gff文件和基因組序列文件
示例
數(shù)據(jù)下載地址：[http://plants.ensembl.org/info/website/ftp/index.html]
1
2：右擊，復(fù)制鏈接，用迅雷下載比較快
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2.工具TBtools：歡迎加入開發(fā)作者的QQ交流學(xué)習(xí)群（553679029），先看群公告哈。
二、將文件進(jìn)行ID prefix，統(tǒng)一染色體名稱。
沒統(tǒng)一的草圖，染色體前綴由系統(tǒng)命名
打開TBtools
1gff文件進(jìn)行ID prefix
2
3.fa文件進(jìn)行ID prefix
4:注意兩次輸入的字符必須一樣。例圖中是：AT-
按步驟操作完成后，每個物種得到新的.gff文件和.fa文件，用于后續(xù)的共線性分析。
三、確定物種間的親緣遠(yuǎn)近關(guān)系
目的：給各個物種安排的排序位置，例如我做的5個物種擬南芥、大豆、水稻、小麥和玉米，其中水稻、小麥和玉米屬于禾本科植物，這三個物種之間的共線性關(guān)系自然是比較好的，但是具體的怎末連線還是不清楚，當(dāng)然可以通過文獻(xiàn)查找來確定，這里為了保險(xiǎn)起見，我決定將所有物種兩兩組合，看共線性關(guān)系，先做兩物種間共線性，再來排列。
兩個物種間的共線性，請參考：http://www.itdecent.cn/p/6c5a5a2d8fa7
注意：
1：OnestepMCscanX的比對時(shí)間因物種而已，比如小麥這種超大基因組的物種，我用小筆記本跑了兩天，start后就靜靜等待了，建議最好多用幾臺電腦。
2：兩物間共線性分析時(shí)，用ID prefix后的文件，只是鏈接里我用的原始文件。
按照高亮基因共線性條目多少進(jìn)行排序（水稻做了秈稻和粳稻的可以忽視，5個物種也就10種組合）
結(jié)果：確定這幾個物種的前后順序?yàn)閿M南芥、大豆、水稻、小麥、玉米，得到兩兩之間的比對結(jié)果文件。
四、比對文件合并與修改
多物種共線性需要用到的文件
1
2
3：所需文件合并結(jié)果
4：查看合并文件，將文件拖入即可
5：將碎片刪除，將染色體保留并排序
6：表示圖片顏色的數(shù)字可以刪除
7：整理自己的Highlight基因ID，依舊是全英狀態(tài)下輸入
8：可視化啦
9：最終圖片
10：我將顏色數(shù)字代碼去除的亞子
