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GEO數(shù)據(jù)庫格式
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參考的文章
AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA processing factors. Nat Commun 2016 Nov 8;7:13347. PMID: 27824034
網(wǎng)址：https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP075/SRP075747/
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wget ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP075/SRP075747/SRR3589959/SRR3589959.sra
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for ((i=61;i<=62;i=i++));do wget ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP075/SRP075747/SRR35899$i/SRR35899$i.sra ;done
比對： HISAT2法
- 安裝HISAT2
conda install hisat2
- 比對
hisat2 -t -x ref/index/hg19/genome -1 SRR3589954_1.fastq -2 SRR3589954_2.fastq -S aligned/SRR3589954.sam
解讀：
A. 命令行目錄 ./
B. Hg19目錄 ref/index/hg19/genome
C. Hg19下載與解壓縮
axel ftp:
tar -zxvf hg19.tar.gz
D. RNA-seq Data: ./
E. 注釋 -t 記錄時間 -x hg19 index文件目錄
-1 -2 測序的兩個fastq文件 -S 輸出文件路徑
內(nèi)存使用情況
