Domino算法是由Jennifer H. Elisseeff團隊于2021年發(fā)表在Nature Biomedical Engineering 雜志上的一篇題為：Computational reconstruction of the signalling networks surrounding implanted biomaterials from single-cell transcriptomics（Computational reconstruction of the signalling networks surrounding implanted biomaterials from single-cell transcriptomics | Nature Biomedical Engineering
）中所構(gòu)建的新算法，是一個基于轉(zhuǎn)錄因子激活的單細胞RNA seq中分析細胞內(nèi)和細胞間信號的工具。
想學(xué)習(xí)一下這個方法來分析細胞通訊，于是在gihub上找到了Domino的教程（Elisseeff-Lab/domino: A software package for connecting cell level features in single cell RNA sequencing data with receptor ligand activity. (github.com)
），根據(jù)教程進行在create_domino（）卡住了。
pbmc_dom = create_domino(signaling_db = '~/work/ref/human/cpdb/',
features = auc, counts = counts, z_scores = z_scores, clusters = clusters,
df = 'regulons.csv')
一直報錯
根據(jù)domino tuturial說signaling_db是要告知create_domino（）它所需的cellphonedb數(shù)據(jù)集的正確目錄放進去。所以我把它前面介紹cellphonedb時提到的4個文件：
genes.csv
proteins.csv
interactions.csv
complexes.csv
均下載到本地進行導(dǎo)入，然后我也試過把4個文件移到‘~/work/ref/human/cpdb/’，還是不能導(dǎo)入，報錯：Error in file（file，“rt”）：invalid ‘description’ argument
問了chat說可能是regulons.csv文件的路徑不對，我修改了路徑，確定里面有regulons.csv這個文件，還是照樣報錯。
對于這個報錯，有前輩遇到過嗎？可否指導(dǎo)一下如何修改代碼才能正確導(dǎo)入？
另外，我在想是否是regulons.csv文件不適配了，畢竟我按domino教程上的地址來下載這4個文件是沒有下載到的，提示鏈接過期或文件不存在，然后是在cellphonedb網(wǎng)站上找到了它所需的4個文件再下載下來的。目前打算從頭開始，先運行SCENIC，得到regulons.csv再進行后續(xù)。
對于細胞通訊分析，大家有沒有比較推薦的算法呢？
后續(xù)
用pyscenic重新跑了scenic這部分的分析，得到了新的regulons.csv和auc_mtx.csv文件，然后再在RStudio里運行，發(fā)現(xiàn)還是不行，提示了另一個報錯說cpdb的某個文件哪一行少了對應(yīng)的數(shù)據(jù)，改了好久都不見跑通，后來想想為啥不在服務(wù)器上跑R試試。于是在服務(wù)器上運行R將相應(yīng)的包給裝上，跟著代碼跑，運行嘎嘎快，一下就跑通了！
