找完標志后的后續(xù)分析
Webgestalt
? ? ? ? 在組學數(shù)據(jù)分析中，基因富集分析是最常用的方法之一，所有的基因數(shù)據(jù)分析最終都要落實到功能上去，富集分析作為一種最基礎(chǔ)的功能研究方法，通過go, kegg pathway等不同的基因功能注釋數(shù)據(jù)庫，再結(jié)合對應的富集分析算法，可以探究輸入的基因富集在哪些功能上。
? ? ? ? 富集分析的必要性和重要性不言而喻，有很多的成熟的軟件可以來進行這樣的分析，比如clusterProfiler, GSEA等等，然而這些工具的使用還是具備一定的門檻，對于沒有編程經(jīng)驗的生物學家而言通過這些軟件得到富集分析的結(jié)果并不是一件容易的事情。
? ? ? ?為了方便廣大科研工作者進行富集分析，有很多的在線工具被開發(fā)出來，其操作簡便，更易上手，最著名的當屬DAVID這個網(wǎng)站了，有接近4000次的引用。然而該網(wǎng)站數(shù)據(jù)更新并不及時，在現(xiàn)在看來，其數(shù)據(jù)庫版本過于老舊，而且不支持一些新出的功能注釋數(shù)據(jù)庫。
? ? ? ? webgestalt是一個專注于富集分析的在線網(wǎng)站，支持多種富集分析算法，而且涵蓋的功能注釋數(shù)據(jù)庫較為全面，在今年5月份剛剛升級了版本，對數(shù)據(jù)庫進行了更新。
? ? ? ?支持12個物種，324種基因ID格式，功能注釋不僅包括了常見的go,kegg, 還涵蓋了蛋白質(zhì)相互作用，miRNA靶基因，疾病注釋，藥物靶點等各種注釋信息。支持3種富集分析算法：
可參考以下兩個網(wǎng)頁
https://www.yisu.com/zixun/572936.html
https://zhuanlan.zhihu.com/p/132663560
Metascape
? ? ? ? Metascape集成了四十多個生物信息數(shù)據(jù)庫，通過一鍵快速分析的簡潔界面讓生物學者能夠輕松獲得全面的數(shù)據(jù)解析。 其不僅在內(nèi)容上包含了生物通路富集分析，蛋白質(zhì)互作用網(wǎng)絡結(jié)構(gòu)分析以及豐富的基因注釋功能，而且將結(jié)果以生物學家容易理解的高質(zhì)量的圖表語言加以呈現(xiàn)。與其他工具相比，Metascape克服了常見的難以學習使用，數(shù)據(jù)庫缺乏更新，和結(jié)果不易理解的缺陷。
? ? ? ?Metascape能自動識別常用的各種基因或蛋白質(zhì)的標識符。分析完成后網(wǎng)頁會引導用戶打開一份分析報告。分析報告模仿科研論文的格式來展現(xiàn)分析結(jié)果，圖文并茂，對生物學者極其友好。報告中詳細闡述了分析方法和圖形的意義，而且圖形都含可以發(fā)表的高清晰文件格式。報告還提供了格式化好的Excel文件，許多文章直接使用它做supplementary table。自動生成的PowerPoint文件方便學者們交流結(jié)果。
? ? ? ?當代的多組學實驗往往生成多個基因列表，目前的網(wǎng)絡工具很少能同時分析并整合多基因列表，而這恰恰是Metascape的長處之一。其實Metascape的”meta”就是來源于多列表的meta-analysis。圖3以三組過去獨立發(fā)表的流感宿主因子列表為例進行說明。
如何操作參考以下網(wǎng)址：
http://www.sci666.net/2270.html
https://cloud.tencent.com/developer/news/96301
? ? ? ? ?DisGeNET（metascape富集分析結(jié)果涉及到的一個數(shù)據(jù)庫）數(shù)據(jù)庫介紹如下網(wǎng)址：
http://www.itdecent.cn/p/21244a67e3d1
? ? ? ? Oncomine:腫瘤芯片數(shù)據(jù)庫介紹參考以下網(wǎng)址
http://www.itdecent.cn/p/ccd5d9fc80b2
? ? ? ? Cosmic數(shù)據(jù)庫介紹參考以下網(wǎng)址
https://cloud.tencent.com/developer/article/1626267
