1. VariantFiltration
   Filter variant calls based on INFO and/or FORMAT annotaitions.

gatk VariantFiltration \
-R reference.fasta\
-V input.vcf.gz\
-O output.vcf.gz\
--fitler-expression "AB<0.2 || MQ0 >50" \
--fitler-name "my_filters"

不能使用VQSR，但需要對(duì)HaplotypeCaller的結(jié)果進(jìn)行handfilter時(shí)可以用這個(gè)工具。

2. FixMateInformation(Picard)
   Verify mate-pair information between mates and fix if needed.

java -jar --Xmx4g picard.jar  FixMateInformation \
                  I=input.bam \
                  O=fixed_mate.bam \
                  ADD_MATE_CIGAR=true AS=true \
                  SO=coordinate 

這一步是放在MarkDuplicates后面，查到有別人說如果MarkDuplicates 把重復(fù)去掉了,會(huì)對(duì)mate信息產(chǎn)生影響。如果MarkDuplicates只是標(biāo)記而沒有去除重復(fù)，則不會(huì)對(duì)mate信息產(chǎn)生影響，理論上可以不用做FixMate.
我比較了輸入文件和輸出文件的大小，fix之后的文件要大一些。

3.SelectVariants
Select a subset of variants from a VCF file.

gatk SelectVariants \
-R reference.fasta \
-V input.vcf \
-selectType SNP \
-O output.vcf

-selectType ：INDEL,SNP,MIXED,MNP,SYMBOLIC,NO_VARIATION.（can be specified multiple times.)
常用的是從vcf中把snp和indel分別輸出到兩個(gè)文件。