2024-02-23 基因組組裝

利用Canu進(jìn)行組裝

canu -p YueC -d canu genomeSize=3g useGrid=false maxThreads=24 -pacbio-hifi all.ccs.fastq.gz

當(dāng)基因組太大時，maxThreads設(shè)置太小，會報錯，不運行。


利用Hifiasm進(jìn)行組裝

hifiasm --primary -o YueC -t 10 --h1 /public/home/agis_kongweilong/Project/YueCproject/Genome/HiC/Unknown_BS547-003H0001_good_1.fq.gz --h2 /public/home/agis_kongweilong/Project/YueCproject/Genome/HiC/Unknown_BS547-003H0001_good_2.fq.gz /public/home/agis_kongweilong/Project/YueCproject/Genome/Hifi/all.ccs.fastq.gz

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