在終端下調(diào)用IGV進(jìn)行截圖

安裝指南

保證你的服務(wù)器已安裝如下軟件

  • Python2.7+ 或Python3+
  • bash
  • IGV
  • Xvfb
  • xdpyinfo
  • Java

之后從GitHub上克隆該項(xiàng)目

git clone https://github.com/stevekm/IGV-snapshot-automator.git
cd IGV-snapshot-automator/bin
./get_IGV.sh # 下載2.3.81的IGV

使用測試數(shù)據(jù)集檢查安裝狀態(tài)

python make_IGV_snapshots.py test_data/test_alignments.bam test_data/test_alignments2.bam

最后你會(huì)在當(dāng)前目錄下看到一個(gè)IGV_Snapshot文件夾目錄，說明腳本運(yùn)行成功。

參數(shù)用法

該腳本的主要目的就是截圖，因此參數(shù)比較簡單，原則上只需要提供.bam/.bigwig文件即可。但實(shí)際上還有一個(gè)非常重要的參數(shù)是-g, 因?yàn)槟J(rèn)是hg19, 實(shí)際上我們會(huì)有自己的參考基因組版本。

其他可選參數(shù)為

  • -r: 輸入為bed文件，用于定義截圖區(qū)域
  • -g: 參考基因組，默認(rèn)是hg19。
  • -ht: IGV track的高度
  • -o: 輸出文件夾
  • -bin: IGV.jar文件路徑。腳本中使用的是bin/IGV_2.3.81/igv.jar。最好是在命令行中寫死。
  • -mem: 分配內(nèi)存
  • -nosnap: 不需要截圖，保存腳本即可
  • -suffix: 輸出文件名的前綴
  • -nf4: Name filed 4模式
  • -onlysnap: 提供自己編寫的batchscript腳本
  • -s: 根據(jù)正向/反向鏈進(jìn)行截圖

舉個(gè)例子，對擬南芥基因組進(jìn)行截圖

python /opt/biosoft/IGV-snapshot-automator/make_IGV_snapshots.py -g /data/reference/genome/TAIR10/Athaliana.fa  -r test.bed ath1.bam

當(dāng)然作者提供的參數(shù)比較少，如果對截圖有個(gè)性化的需求，可以參考IGV控制命令編寫自己的腳本進(jìn)行。

?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請聯(lián)系作者
【社區(qū)內(nèi)容提示】社區(qū)部分內(nèi)容疑似由AI輔助生成，瀏覽時(shí)請結(jié)合常識(shí)與多方信息審慎甄別。
平臺(tái)聲明：文章內(nèi)容（如有圖片或視頻亦包括在內(nèi)）由作者上傳并發(fā)布，文章內(nèi)容僅代表作者本人觀點(diǎn)，簡書系信息發(fā)布平臺(tái)，僅提供信息存儲(chǔ)服務(wù)。

相關(guān)閱讀更多精彩內(nèi)容

友情鏈接更多精彩內(nèi)容