軟件安裝分類
安裝之后的軟件目錄要求有序清楚干凈
軟件安裝分類.PNG
miniconda軟件安裝
下載miniconda軟件，此為軟件倉(cāng)庫(kù)（清華大學(xué)開源軟件鏡像站 | minconda）例如，
wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-4.5.11-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda2-4.5.11-Linux-x86_64.sh
配置鏡像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
創(chuàng)建軟件安裝環(huán)境并起名字，例如叫作rna
conda create -n rna python=2
查看當(dāng)前的conda環(huán)境
conda info --envs
激活/進(jìn)入conda的rna環(huán)境（這樣就不每次使用是都conda create -n rna python=2）
source activate rna
安裝一個(gè)軟件試試，例如sra-tools軟件，首先在Bioconda documentation的網(wǎng)站上搜索有沒有收錄，網(wǎng)址https://bioconda.github.io/recipes.html
發(fā)現(xiàn)有這軟件，可以用conda安裝啦！此步驟也可以如下得到確認(rèn)：
conda search sra-tools
開始安裝
conda install -y sra-tools # 出現(xiàn)done，正確安裝。注意，通常要能調(diào)出該軟件的help才放心。各款軟件如何確認(rèn)？可能得多加網(wǎng)上搜索確認(rèn)啦，例如，
調(diào)用：
./sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin/fastq-dump --help
發(fā)現(xiàn)可以調(diào)用，確認(rèn)軟件可以使用了。
source deactivate # 如此，即可退出當(dāng)前環(huán)境
各類語(yǔ)言安裝包
雜記
優(yōu)先下載二進(jìn)制可執(zhí)行程序：解壓后即可全路徑調(diào)用
C源碼：./configure一下, make一下, 再make install一下 （ 有些需權(quán)限，缺庫(kù)。據(jù)說很頭疼，但我是哪哪兒都疼。)
perl和python軟件，主要是模塊依賴
R，java安裝等等
注意一個(gè)問題，下載后要解壓，得到的源碼包未必是合適的名字，例如名字就叫做download，此時(shí)一定要對(duì)其更名，例如：
mv download bowtie2-2.2.9-linux-x86_64.zip
完事后注意更改環(huán)境變量，并使之生效。這是為了不必從絕對(duì)路徑找到執(zhí)行軟件的位置去運(yùn)行，那樣可不就費(fèi)事了嘛。
echo 'export PATH=/home/jianmingzeng/biosoft/myBin/bin:$PATH' >>~/.bashrc
這個(gè)/home/jianmingzeng/biosoft/myBin/bin是個(gè)例子，得要找到自己安裝了的那個(gè)軟件的位置。怎么找到？以安裝GTK軟件為例，先 ./gatk --help 能出來，然后 pwd 出來路徑，例如 /home/vip18/GATK4/gatk-4.0.11.0 然后將這個(gè)添加到環(huán)境變量里。最后這么使之生效：
source ~/.bashrc
這事也可以這么干：
進(jìn)入vim編輯，
vim ~/.bashrc
寫進(jìn)去，
export PATH="/home/jianmingzeng/biosoft/myBin/bin:$PATH"
使之生效，
source ~/.bashrc
注意，有的軟件可能得如下這么干。我裝的少，目前還沒遇到，我就是先記下來而已
perl configureHomer.pl -install
pip install CrossMap --user
python setup.py install --user
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("qvalue")
幾個(gè)軟件的安裝實(shí)例
sra-tools
搜索sra-tools得到該軟件的官網(wǎng)，其他網(wǎng)站也可，能得到是關(guān)鍵。NCBI sra-tools軟件官網(wǎng)：
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software
找到下載這玩意兒的地方，右擊獲取下載地址，那就下載嘍
wget -c https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.2/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar.gz
解壓嘍
tar zxvf sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar.gz
調(diào)用確認(rèn)能不能用嘍
./sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin/fastq-dump --help
featureCounts
搜索發(fā)現(xiàn)是在subread 軟件官網(wǎng)http://subread.sourceforge.net/
要注意到名字并不相同（子軟件）
下載，
wget -c https://sourceforge.net/projects/subread/files/latest/download
重命名，解壓，
mv download subread-1.6.3-source.tar.gz
tar zxvf subread-1.6.3-source.tar.gz
安裝，
cd subread-1.6.3-source/
make -f Makefile.Linux（編譯。官網(wǎng)得知，需如此，照做即可。）
調(diào)用，
./bin/subjunc --help
./bin/featureCounts -h
samtools C安裝法
進(jìn)入samtools 軟件鏈接,
http://www.htslib.org/download/
https://github.com/samtools/samtools/releases/
得到鏈接，下載,
wget -c https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.9/samtools-1.9.tar.bz2
解壓，
tar jxvf samtools-1.9.tar.bz2
編譯和安裝，
cd samtools-1.9
./configure --prefix=~/biosoft/samtools-1.9
make
make install
調(diào)用，
./samtools-1.9/samtools --help
vcftools C安裝法
進(jìn)入vcftools 軟件鏈接，
https://vcftools.github.io/examples.html
得到軟件鏈接，下載。注意master不是合適的識(shí)別名稱，要改下
wget -c https://github.com/vcftools/vcftools/zipball/master
更名，解壓，
mv master vcftools-vcftools-v0.1.16-13-gd0c95c5.zip
unzip vcftools-vcftools-v0.1.16-13-gd0c95c5.zip
# export PERL5LIB=/home/qmcui/software/vcftools/vcftools_0.1.13/perl（這步，我不懂，也許不需要懂，照做即可。怎么知道要這么做？查看軟件自帶的readme.txt，或者搜索至官網(wǎng)甚至有安裝示例）
編譯和安裝，
cd vcftools-vcftools-d0c95c5
./autogen.sh
./configure --prefix=/home/qmcui/software/vcftools....
make
make install
調(diào)用，
最后一步調(diào)用：
cd /home/qmcui/software/bin_configure/bin && man vcftools
注意，調(diào)用方法各例或有不同，如何知道？看官網(wǎng)說明，或搜索得知。
github下載安裝（github 類似 conda）
進(jìn)入htslib github鏈接,
https://github.com/samtools/htslib
下載,
git clone https://github.com/samtools/htslib 或者
git clone git://github.com/samtools/htslib.git
安裝和編譯，
cd htslib
make
調(diào)用，
./htslib/tabix --help
##############
wget下載法：
wget -c https://github.com/samtools/htslib/archive/develop.zip
unzip develop.zip
cd htslib-develop
make