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在之前的文章中，我們提到利用網(wǎng)絡(luò)聚類算法可以從復(fù)雜的蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)中挖掘蛋白復(fù)合體或者相應(yīng)的功能模塊，其中MCODE算法是最常用的挖掘蛋白復(fù)合體的算法。

MCODE全稱molecular complex detection, 是最廣泛使用的挖掘蛋白復(fù)合體的算法之一，在cytoscape 軟件中提供了一個(gè)MCODE插件，可以方便的對網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行聚類。

cytoscape 是一個(gè)功能強(qiáng)大的網(wǎng)絡(luò)可視化軟件，除了基本的可視化之外，通過各種插件，還可以輕松的實(shí)現(xiàn)各種數(shù)據(jù)分析，插件的下載地址如下

http://apps.cytoscape.org/

眾多插件中，也可以看到MCODE插件的下載使用率名列前茅

在下載插件時(shí)，建議先打開cytoscape軟件，這樣可以直接在線安裝，非常方便。

構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò)，我們需要一個(gè)基因列表，比如轉(zhuǎn)錄組分析得到的差異基因列表，然后到String網(wǎng)站上，進(jìn)行檢索，示意如下

檢索之后，下載tsv格式的結(jié)果文件，示意如下

在該文件中，前兩列的信息是我們需要的，內(nèi)容如下

截取前兩列，然后另存為一個(gè)文件，通常叫做edge.txt。這個(gè)文件可以直接導(dǎo)入cytsocape軟件，通過File->Import->Network->File, ?將該文件導(dǎo)入，導(dǎo)入之后，通過Apps->MCODE, 啟動MCODE插件，在控制面板，可以看到下圖

選擇默認(rèn)參數(shù)，對整個(gè)網(wǎng)絡(luò)繼續(xù)聚類，在右側(cè)的結(jié)果面板可以看到如下所示的結(jié)果

聚類之后會得到多個(gè)子網(wǎng)subnetwork, 對于每個(gè)子網(wǎng)，可以看到其節(jié)點(diǎn)數(shù)，邊數(shù)，打分值等基本信息，所有子網(wǎng)的信息可以通過Export按鈕導(dǎo)出到文件中，如下所示

點(diǎn)擊每個(gè)子網(wǎng)，通過在中間面板看到該子網(wǎng)的可視化結(jié)果，示意如下

然后可以自定義的調(diào)整各項(xiàng)參數(shù)，使圖片更加美觀。通過MCODE插件，我們可以方便的得到復(fù)雜瓦格的PPI網(wǎng)絡(luò)中潛在的各個(gè)子網(wǎng)，但是后續(xù)還是要集合功能注釋，比如KEGG，蛋白復(fù)合物數(shù)據(jù)庫的注釋等，對結(jié)果進(jìn)一步解讀和篩選。

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