前言：Blast最新版是2.10.0，同時因為項目需要，要做NT數(shù)據(jù)庫，也就是核酸數(shù)據(jù)庫的本地化。（NT是核酸庫，NR是蛋白質庫）
- Blast下載及安裝
我選擇用axel下載軟件的源碼，不知道axel的可以翻我之前的文章，解壓即可使用blast
axel https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.10.0+-x64-linux.tar.gz
tar -xf ncbi-blast-2.10.0+-x64-linux.tar.gz
cd ncbi-blast-2.10.0+/bin
./blastn -help
建議添加至環(huán)境變量
-
下載NT核酸數(shù)據(jù)庫
NT數(shù)據(jù)庫中，有被format好的NT數(shù)據(jù)庫，共分割為25個子文件，把他們下載下來，解壓就可以直接用，約65G：
NT核酸庫
同樣使用axel進行下載，因為axel在鏈接斷掉后，可以自動重連：
mkdir NCBI_DB
for i in `seq 0 9`
do
axel https://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/nt.0${i}.tar.gz
done
for i in `seq 10 24`
do
axel https://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/nt.${i}.tar.gz
done
下載好的文件：
NT數(shù)據(jù)庫壓縮包
解壓：
tar -xf *.tar.gz
解壓完成后把全部的文件放到/home/xxx/blast/db，還需要在家目錄下配置.ncbirc文件，在文件中添加內容：
[BLAST]
BLASTDB=/home/xxx/blast/db
- 本地化Blast的使用
blastn -query test.fasta -db /path/to/NCBI_DB/nt -outfmt 6
