一、在NCBI上下載rRNA的fasta序列，用于建立索引

打開NCBI,select “Taxonomy” and search for “sheep“

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點擊 Ovis aries

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點擊 Ovis aries(sheep）

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右邊表格Click on the “Subtree links” for Nucleotide:

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左邊選擇rRNA(281)

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選擇顯示200perpage，讓所有記錄都放在一頁，以便下載全部的條目

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點擊send to,設(shè)置為上圖的參數(shù),點擊create file

二、bowtie2建立rRNA索引

下載bowtie2

conda install -y bowtie2

建立索引

bowtie2-build sheep_rRNA.fasta sheep_rRNA

三、利用bowtie2去除rRNA

針對單端測序文件（single-end）

 bowtie2 -x /public/jychu/reference/index/bowtie2/sheep/rRNA/sheep_rRNA --un-gz ${i}_IP_rmrRNA.fastq.gz -U ${i}_IP.read1_Clean.fastq.gz -p 8 -S ${i}_rRNA.sam; rm ${i}_rRNA.sam

針對雙端測序文件（paired-end）

 bowtie2 -x /public/jychu/reference/index/bowtie2/sheep/rRNA/sheep_rRNA  -1 T_F2a_1_1.fq.gz -2 T_F2a_1_2.fq.gz --un-conc-gz T_F2a_input_rmrRNA.fastq.gz -p 8 -S T_F2a_rRNA.sam; rm T_F2a_rRNA.sam; 

結(jié)果如下

-rw-r--r-- 1 jychu jychu 2.5G Oct 21  2017 T_F2a_1_1.fq.gz

-rw-r--r-- 1 jychu jychu 2.9G Oct 21  2017 T_F2a_1_2.fq.gz

-rw-rw-r-- 1 jychu jychu 558M Mar  7 22:03 T_F2a_input_rmrRNA.fastq.1.gz

-rw-rw-r-- 1 jychu jychu 609M Mar  7 22:03 T_F2a_input_rmrRNA.fastq.2.gz

(參考鏈接：http://www.itdecent.cn/p/10477f96f12e)

bowtie 去核糖體RNA

下載bowtie

conda install -y bowtie

建立索引

**bowtie-build sheep_rRNA.fasta sheep_rRNA**

去核糖體RNA

bowtie -v 3 --norc /public/jychu/reference/index/bowtie/sheep/rRNA/sheep_rRNA -q <input>.fastq --un <output>.fastq