劉小澤寫于19.10.14
筆記目的：根據(jù)生信技能樹(shù)的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組課程探索10X Genomics技術(shù)相關(guān)的分析
課程鏈接在：http://jm.grazy.cn/index/mulitcourse/detail.html?cid=55
我們后面會(huì)重點(diǎn)關(guān)注下游分析，也就是第二單元視頻內(nèi)容的第6講及以后
前言
這次要重復(fù)的圖片是來(lái)自文章：Acquired cancer resistance to combination immunotherapy from transcriptional loss of class I HLA
文章解讀在：http://www.itdecent.cn/p/b818e38f7e9cs
重要的圖片如下：
第一張：PBMC細(xì)胞分成13個(gè)群(Fig.2a)
需要注意的是，tSNE的聚類結(jié)果只能與原文相似，除非拿到作者設(shè)置的隨機(jī)種子，但整體上的分群是一致的
原文使用的代碼：
# https://static-content.springer.com/esm/art%3A10.1038%2Fs41467-018-06300-3/MediaObjects/41467_2018_6300_MOESM6_ESM.txt
TSNEPlot(PBMC, colors.use = c('green4', 'pink', '#FF7F00', 'orchid', '#99c9fb', 'dodgerblue2', 'grey30', 'yellow', 'grey60', 'grey', 'red', '#FB9A99', 'black'))
第二張：幫助判斷是否存在批次效應(yīng)（Supp Fig.6）
第三張：利用一些關(guān)鍵marker基因輔助驗(yàn)證分群結(jié)果(Supp Fig.7)
第四張：PBMC的四個(gè)時(shí)間點(diǎn)各畫(huà)一張圖 (Fig. 2b)
并且比較一下重點(diǎn)關(guān)注的一群（CD8+ cytotoxic T cells）在這四個(gè)時(shí)期中的變化
【使用table函數(shù)比較四個(gè)時(shí)期的細(xì)胞數(shù)和分成13個(gè)群的細(xì)胞數(shù)，大體上會(huì)得到這樣一個(gè)表】
然后就能得到和原文（下圖）一樣的結(jié)論
第五張：比較兩種CD8+細(xì)胞差異
在分群結(jié)果可以看到，CD8+主要分成了兩群，一個(gè)是紅色的（170個(gè)CD8+ cytotoxic T cells，即細(xì)胞毒性T細(xì)胞），一個(gè)是淺藍(lán)色的（429個(gè)CD8+ effector T cells，即效應(yīng)T細(xì)胞）
第六張：腫瘤組織的差異分析(Fig. 4)
根據(jù)兩個(gè)時(shí)間點(diǎn)（治療之前和復(fù)發(fā)）對(duì)患者2586-4的MCC腫瘤組織分群，然后看它們之間的基因差異，探究了HLA基因（HLA-A和HLA-B），發(fā)現(xiàn)HLA-A在免疫治療前后沒(méi)啥變化，而HLA-B的變化顯著
后面會(huì)通過(guò)這樣一個(gè)table結(jié)果來(lái)查看
上游操作
上游指的是在服務(wù)器對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行操作，下游指的是利用R對(duì)上游結(jié)果進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析、繪圖
上游主要會(huì)進(jìn)行以下幾步【主要對(duì)應(yīng)視頻內(nèi)容的第二單元1-5講】
- 服務(wù)器conda環(huán)境配置
- cellranger軟件配置
- 文章數(shù)據(jù)下載及轉(zhuǎn)換
- 運(yùn)行cellranger count
之前在單細(xì)胞天地寫過(guò)的推送：
單細(xì)胞實(shí)戰(zhàn)(一)數(shù)據(jù)下載
單細(xì)胞實(shí)戰(zhàn)(二) cell ranger使用前注意事項(xiàng)
單細(xì)胞實(shí)戰(zhàn)(三) Cell Ranger使用初探
