cellranger更新到5啦（全新使用教程） - 云+社區(qū) - 騰訊云 (tencent.com)
cellranger更新到6.0啦（全新使用教程） - 簡書 (jianshu.com)
下載安裝軟件
官網(wǎng): https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/downloads/latest
#官網(wǎng)簡單注冊獲得cellranger下載地址
wget -O?cellranger-6.1.2.tar.gz "https://cf.10xgenomics.com/releases/cell-exp/cellranger-6.1.2.tar.gz?Expires=1644969388&Policy=eyJTdGF0ZW1lbnQiOlt7IlJlc291cmNlIjoiaHR0cHM6Ly9jZi4xMHhnZW5vbWljcy5jb20vcmVsZWFzZXMvY2VsbC1leHAvY2VsbHJhbmdlci02LjEuMi50YXIuZ3oiLCJDb25kaXRpb24iOnsiRGF0ZUxlc3NUaGFuIjp7IkFXUzpFcG9jaFRpbWUiOjE2NDQ5NjkzODh9fX1dfQ__&Signature=h4FL5tsIzSePQ92iKlyuD1s4ybXSl68zgxD-5MBkpQBIS8liLWaKPcOPDi-6yURDXPbEsujPlvif2CiWzPdIP5ZlxSZ-s2n9Ki73Wo2mYq-MmVelLTWhO0cEznzDNZAo-aZJKro008WJQ~zzhKVSDYy7kKC4O64pmcpl1OTj5dBrL64zZrv0bLc1J~W26dbx1IU983P2VTVA2l-gVLSKwpoIGooWYPTdXOCIYzp77iEnPfkdMuZ~M7nfm6JycmSKh3XPaEkkWlNFEX9stBCYKxrxV0Z9gfNXNg10mZ5vITB1DLe2YcLg-V9Kwbh-~dZgTgVn81oZsIJt9Zp~3FFQZA__&Key-Pair-Id=APKAI7S6A5RYOXBWRPDA"
或者
curl -o?cellranger-6.1.2.tar.gz "https://cf.10xgenomics.com/releases/cell-exp/cellranger-6.1.2.tar.gz?Expires=1645022614&Policy=eyJTdGF0ZW1lbnQiOlt7IlJlc291cmNlIjoiaHR0cHM6Ly9jZi4xMHhnZW5vbWljcy5jb20vcmVsZWFzZXMvY2VsbC1leHAvY2VsbHJhbmdlci02LjEuMi50YXIuZ3oiLCJDb25kaXRpb24iOnsiRGF0ZUxlc3NUaGFuIjp7IkFXUzpFcG9jaFRpbWUiOjE2NDUwMjI2MTR9fX1dfQ__&Signature=LnkvS5UP2QM4FR7DPlL0lgkBQROtRWmv35P715ML5AZ1~2mcAY7x9OHlB76hjnYmpHbIcAq0Mtvi8mtaRebtE6zTdkaTrIdmiZSFOY7C4Bt3aQzWmNWLA7kyFCbjtktpaCRaSAbjTmOmRC3gEq9fr4EZM5m2nvYXbN0CnRtV1Rk0iyGTBTXZuyjgRKcddT1iYDmUJ1znFWpxE9Dpx-goxIfSOTLOTW3IGfD2Q-7TE-6iZbOrknmFQ5nYBaSqAMGZy~H8Xop-yyNU3PBiClseIlE6iJ1pKHJy5S~Rxfjyoiom30tHp9dVLCvkX4-UzBdGbzFYx-neWa6b8u~ddNvajA__&Key-Pair-Id=APKAI7S6A5RYOXBWRPDA"
#解壓軟件（82base)
tar -xzvf cellranger-6.1.2.tar.gz
#添加到環(huán)境變量
vim ~/.bashrc
export PATH=/opt/cellranger-6.0.2:$PATH
source ~/.bashrc
下載ref
#下載小鼠參考基因組
wget https://cf.10xgenomics.com/supp/cell-exp/refdata-gex-mm10-2020-A.tar.gz
#下載人參考基因組
wget?https://cf.10xgenomics.com/supp/cell-exp/refdata-gex-GRCh38-2020-A.tar.gz
#解壓參考基因組
cd?/data2/ff/ref/cellranger.mm10
tar -xzvf?refdata-gex-mm10-2020-A.tar.gz
###
如果你是直接拿到的R1/R2的fastq文件，那么就直接上cellranger count。
如果你是I1/R1/R2的數(shù)據(jù)，那就麻煩還要跑個cellranger mkfastq。
cellranger count定量(82 base)
#圖中的四對樣本來自于同一群細胞，我想將這四個文件一起一次性跑完
#cellranger count當(dāng)中的--sample參數(shù)只識別的時候只識別S1之前的字段
cat CC5F0-1_S1_L003_R1_001.fastq.gz CC5F0-2_S1_L003_R1_001.fastq.gz CC5F0-3_S1_L003_R1_001.fastq.gz CC5F0-4_S1_L003_R1_001.fastq.gz > CC5F0_S1_L003_R1_001.fastq.gz
#運行
#單樣品版
#換目錄
cd /data2/ff/project/LJ.22.02.sc
cellranger count?-- id=KOAC?\? #?給你這次的任務(wù)取一個響亮的名字，隨意，id指定輸出文件存放目錄名
--transcriptome=/data2/ff/ref/cellranger.mm10/refdata-gex-mm10-2020-A?\? #參考基因組
--fastqs=/data2/ff/project/LJ.22.02.sc \? ?#你的fastq.gz文件保存的路徑，完整
--sample=KOAC \??# 你的fastq.gz文件名當(dāng)中S1之前的字段，作為軟件識別的標志
--nosecondary
####循環(huán)版本
cd?/data2/ff/project/LJ.22.02.sc
for i in KOAC KONC WTAC WTNC
do
#定量
cellranger count \
--id=${i} \? #?給你這次的任務(wù)取一個響亮的名字，隨意
--transcriptome=/data2/ff/ref/cellranger.mm10/refdata-gex-mm10-2020-A \? #參考基因組
--fastqs=/data2/ff/project/LJ.22.02.sc/${i}?\? ?#你的fastq.gz文件保存的路徑，完整
--sample=${i} \??# 你的fastq.gz文件名當(dāng)中S1之前的字段，作為軟件識別的標志
done
#--nosecondary? ## nosecondary 只獲得表達矩陣，不進行后續(xù)的降維、聚類和可視化分析(因為后期會自行用R包去做)
輸出結(jié)果
filtered_gene_bc_matrices：是重要的一個目錄，下面又包含了 barcodes.tsv、features.tsv、matrix.mtx，是下游Seurat、Scater、Monocle等分析的輸入文件。
web_summary.html：質(zhì)控比對報告(一般認為外顯子的比對率要在60%以上)。
index標記樣本，
barcode標記細胞，其次，barcodes數(shù)量時要大于細胞數(shù)量的（以保證每個細胞都會有barcode來進行區(qū)分)。
UMI標記轉(zhuǎn)錄本,Unique Molecular Identifier，由4-10個隨機核苷酸組成，在mRNA反轉(zhuǎn)錄后，進入到文庫中，每一個mRNA隨機連上一個UMI，根據(jù)PCR結(jié)果可以計數(shù)不同的UMI，最終統(tǒng)計mRNA的數(shù)量。它的主要作用是，處理PCR 擴增偏差，因為起始文庫很小時需要的PCR擴增次數(shù)就越多，因為越容易引入擴增誤差。
