安裝shiny和Rstudio

#sudo su - \
#-c "R -e \"install.packages('shiny', repos='https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/')\""
### 由于我的服務(wù)器在新加坡,所以不需要更改鏡像。何況就算是清華的鏡像也經(jīng)常會(huì)崩掉。
sudo apt-get install gdebi-core   ##安裝gdebi
wget https://download3.rstudio.org/ubuntu-14.04/x86_64/shiny-server-1.5.9.923-amd64.deb
sudo gdebi shiny-server-1.5.9.923-amd64.deb ###下載安裝shiny-server

wget  https://download2.rstudio.org/server/trusty/amd64/rstudio-server-1.2.1335-amd64.deb
sudo gdebi  rstudio-server-1.2.1335-amd64.deb   ###下載安裝rstudio-server

在網(wǎng)頁(yè)輸入 ip:3838 對(duì)應(yīng)shiny端口


image.png

在網(wǎng)頁(yè)輸入 ip:8787 對(duì)應(yīng)Rstudio端口


image.png

但是我當(dāng)時(shí)安裝后是打不開(kāi)的
解決過(guò)程
1.到華為云服務(wù)器在三組安全組中入方向規(guī)則和出方向規(guī)則均添加 8787和3838的端口
沒(méi)有解決
2.求助客服
客服首先建議我添加安全組端口 然后找我確認(rèn)防火墻狀態(tài)

sudo ufw status
image.png

防火墻是關(guān)閉的
后來(lái)的建議就是找我查看軟件的問(wèn)題 這個(gè)相對(duì)具體 我也沒(méi)法繼續(xù)追問(wèn)下去
3.求助群里小伙伴
得到兩位的指點(diǎn) 以下引用洲更師兄的話(huà)

/usr/bin/python -m SimpleHTTPServer 8787

先用python的簡(jiǎn)易版服務(wù)器測(cè)試下,這個(gè)端口有沒(méi)有被占用

image.png

然后打開(kāi)你的瀏覽器,訪(fǎng)問(wèn)IP:8787
如果能夠打開(kāi)一個(gè)網(wǎng)頁(yè),說(shuō)明這個(gè)IP地址的這個(gè)端口就是能從外部訪(fǎng)問(wèn)的
那么你就可以去排查你的Rstudio問(wèn)題了
找客服吧,說(shuō)不定就是華為云的安全設(shè)置了
端口或者軟件,還是沒(méi)搞清楚
4.求助曉晶
由于曉晶也沒(méi)有用過(guò)shiny和Rstudio兩款軟件,無(wú)法具體給出指導(dǎo)
image.png

曉晶根據(jù)提示懷疑端口被占用
https://www.cnblogs.com/fengff/p/8985129.html
https://www.cnblogs.com/jiangfeilong/p/11141072.html
給了兩個(gè)網(wǎng)址查看端口占用情況

image.png

image.png

可以看到3838端口是正常在shiny serve的
而8787端口是python在使用 我沒(méi)搞懂...但不是Rstudio的狀態(tài)

然后繼續(xù)谷歌
有個(gè)文章講到 Rstudio是默認(rèn)從某某位置查看R的安裝情況的 如果R沒(méi)在規(guī)定的位置安裝 或者版本不夠 那么Rstudio就檢測(cè)不到 沒(méi)有骨架 衣服也穿不上啊
然后我就懷疑是不是自己的R安裝有問(wèn)題
/usr/bin/R 下面是3.4 的版本
然鵝R 下面是3.6的版本 (該版本是scRNA小環(huán)境下使用conda安裝)
兩個(gè)不同的版本 Rstudio默認(rèn)檢查第一個(gè)位置的R版本 所以不能正確安裝

我又回想起 健明云服務(wù)器配置的視頻 說(shuō)是需要先刪除其他R版本 安裝新版本
由于我知道可以用conda安裝 就自己裝了 沒(méi)管其他的

那么就找到問(wèn)題所在了

# 首先刪除系統(tǒng)自帶舊版本的R
sudo apt-get --purge remove r-base  r-base-core r-base-dev

#然后更新Ubuntu源文件
## 這里,不同Ubuntu系統(tǒng)有點(diǎn)不一樣:
cat /etc/issue
# 18.04
# 使用VIM添加下面代碼到/etc/apt/sources.list文件
# deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9
sudo apt-get update
sudo apt-get install -y  r-base r-base-core  r-base-dev

因?yàn)閁buntu源文件默認(rèn)自帶舊版本R
所以需要更新源文件
值得一提的是 在我更新的時(shí)候 可能由于vim /etc/apt/sources.list的操作不當(dāng) 源文件更新失敗 sudo apt-get install -y r-base r-base-core r-base-dev安裝的R依舊是舊版本的R(又繞了好幾圈才發(fā)現(xiàn)) Rstudio依舊無(wú)法正常使用
由于期間多次懷疑我操作失誤 我刪除并重新操作安裝了好幾遍
后來(lái)不知道怎么改了 就索性買(mǎi)了臺(tái)新的服務(wù)器

新服務(wù)器更新源文件依舊失敗 后來(lái)Google解決了問(wèn)題 可能是健明提供的代碼不適配
由于期間打開(kāi)了數(shù)十個(gè)谷歌網(wǎng)頁(yè) 就索性一起關(guān)了 因?yàn)槲蚁嘈畔麓芜€能找到

最后終于是成功在網(wǎng)頁(yè)打開(kāi)了rstudio


image.png

雖然目前安裝r 包等過(guò)程仍然出了問(wèn)題 好在一直有進(jìn)步 且不停解決問(wèn)題中。

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