今天我們學(xué)習一點簡單的，實現(xiàn)下面這張圖

圖片.png

繪圖：

1. 首先加載數(shù)據(jù)，然后用查看一下數(shù)據(jù)長什么樣子

head(dat)
##          tSNE_1    tSNE_2  cell cluster
## 6A-11 -1.910859 -26.09210 6A-11       2
## 6A-13 -3.498666 -27.66961 6A-13       2
## 6A-14 -7.646899 -12.26195 6A-14       2
## 6A-15 -2.986069 -27.00602 6A-15       2
## 6A-16 -7.633320 -12.21226 6A-16       2
## 6A-17 -4.207616 -25.12467 6A-17       2

2. 開始畫圖：

首先，可以看出這張圖是張點圖，而x軸、y軸和點的顏色分別對應(yīng)數(shù)據(jù)中的tSNE_1、tSNE_2和cluster，所以用映射來實現(xiàn)。

library(ggplot2)
ggplot(dat,mapping = aes(x=tSNE_1,
                         y=tSNE_2,
                         col=cluster))+
  geom_point()

圖片

3. 給cluster添加一個圓圈在ggplot2中通過stat_ellipse()實現(xiàn)。

rm(list=ls())
load("for_tSNE.pos.Rdata")
ggplot(dat,mapping = aes(x=tSNE_1,
                         y=tSNE_2,
                         col=cluster))+
  geom_point()+
  stat_ellipse()

圖片

4. 修改圖片細節(jié)：

* stat_ellipse()中增加參數(shù)，按cluster畫填充

ggplot(dat,mapping = aes(x=tSNE_1,
                         y=tSNE_2,
                         col=cluster))+
  geom_point()+
  stat_ellipse(aes(fill=cluster),
               geom = "polygon")

圖片.png

* 把填充的透明度改一改

ggplot(dat,mapping = aes(x=tSNE_1,
                         y=tSNE_2,
                         col=cluster))+
  geom_point()+
  stat_ellipse(aes(fill=cluster),
               geom = "polygon",
               alpha=1/5)

圖片

* 最后再對圖片進行一些微調(diào)：點的大小、圓圈實線改虛線、圓圈線的粗細、坐標軸的出戲以及主題等等。

ggplot(dat,mapping = aes(x=tSNE_1,
                         y=tSNE_2,
                         col=cluster))+
  geom_point(size=2)+
  stat_ellipse(aes(fill=cluster),
               geom = "polygon",
               linetype = 2,        ###圓圈線的類型
               size=1,              ###圓圈線的粗細
               alpha=1/5)+
  theme_classic()+
  theme(axis.line = element_line(size=1.2, colour = "black"))  ###坐標軸的粗細

圖片

對比一下：

圖片

基礎(chǔ)知識，多多學(xué)習