哈醫(yī)數(shù)據(jù)庫①Lnc2Cancer、Lnc2Meth、LncACTdb、MSDD

• 5.miRSponge

  • miRSponge簡介

  • a manually curated database for experimentally supported miRNA sponges and ceRNAs.
    miRNA的失調(diào)表達(dá)可導(dǎo)致破壞增殖，分化和凋亡。新出現(xiàn)的證據(jù)表明，miRNA本身受含有miRNA結(jié)合位點(diǎn)的內(nèi)源性分子的調(diào)節(jié)，例如假基因，長非編碼RNA和環(huán)狀RNA。這些競爭性抑制劑被稱為'miRNA海綿'，可以競爭性地隔離miRNA，阻止它們與其天然靶標(biāo)相互作用。內(nèi)源性miRNA海綿和靶標(biāo)或競爭性內(nèi)源性RNA（ceRNA）動(dòng)態(tài)地起作用以平衡彼此的表達(dá)。這種平衡對于各種生理過程很重要，并且破壞可導(dǎo)致病理狀態(tài)。

  • 統(tǒng)計(jì)：經(jīng)過實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的miRSponge數(shù)據(jù)庫（miRSponge）記錄了來自近1000篇文章的手工整理后的11個(gè)物種中的576個(gè)sponge-miRNA互作和457個(gè)ceRNA關(guān)聯(lián)。海綿類包括內(nèi)源性生成的分子，如編碼基因、假基因、長非編碼RNA和環(huán)狀RNA，以及外源性引入的分子，如病毒RNA和人工工程海綿(such as viral RNAs and artificial engineered sponges)。

  • 大約70％的相互作用是在疾病狀態(tài)下通過實(shí)驗(yàn)確定的。 每個(gè)條目包含 detailed information on sponges, miRNAs and competing targets, species, miRBase accession, HGNC and GeneCards annotation, tissue distribution, conditions for detection, corresponding literature, PMIDs, a brief description of the sponge-miRNA interaction, and the experimental method。miRSponge提供用戶友好的界面，方便瀏覽，檢索和下載。 此外，miRSponge還提供了新驗(yàn)證的miRNA-sponges和ceRNA關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)的提交頁面。
    總之，miRSponge數(shù)據(jù)庫可以顯著提高我們對不同RNA類別之間轉(zhuǎn)錄組通信的理解，并為miRNA研究和臨床應(yīng)用提供及時(shí)和有價(jià)值的資源。

    
    

    mirSponge

• 相關(guān)文獻(xiàn)
  • miRSponge: a manually curated database for experimentally supported miRNA sponges and ceRNAs.

• 6.Co-LncRNA

  • Co-LncRNA簡介:

  • 基于人類RNA-Seq數(shù)據(jù)，研究lncRNA在GO注釋和KEGG通路中的組合效應(yīng).（investigating the lncRNA combinatorial effects in GO annotations and KEGG pathways based on human RNA-Seq data.）
    Co-LncRNA，這是一種基于Web的計(jì)算工具，allows用戶識(shí)別可能受單個(gè)或多個(gè)lncRNA共表達(dá)的蛋白質(zhì)編碼基因（CEG）影響的GO注釋和KEGG通路。目前發(fā)布的Co-LncRNA包括涉及28個(gè)人組織/細(xì)胞系的高通量RNA測序數(shù)據(jù)，包括來自241個(gè)數(shù)據(jù)集的6,560個(gè)個(gè)體（29,012個(gè)樣品）?；赗NA-Seq數(shù)據(jù)集的重利用，我們分析了這些RNA-Seq數(shù)據(jù)以鑒定lncRNA CEG。值得注意的是, Co-LncRNA performs an enrichment analysis of individual/multiple lncRNA(s) CEGs to all known GO annotations and KEGG pathways in individual datset。此外，還開發(fā)了一個(gè)靈活的查詢引擎，通過對多個(gè)數(shù)據(jù)集的同時(shí)分析來生成高置信度輸出。此外，用戶可以上傳自己的數(shù)據(jù)，以分析特定背景下的lncRNA組合效應(yīng)。Co-LncRNA是公開的，允許用戶通過不同的搜索標(biāo)準(zhǔn)查詢lncRNAs組合效應(yīng)。該系統(tǒng)提供基于網(wǎng)絡(luò)的應(yīng)用程序，用于分析GO注釋和KEGG通路中的lncRNA組合效應(yīng)，這有助于通過lncRNA探索人類復(fù)雜的調(diào)節(jié)。
    

    Co-LncRNA

    
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  • 相關(guān)文獻(xiàn)
    Co-LncRNA: investigating the lncRNA combinatorial effects in GO annotations and KEGG pathways based on human RNA-Seq data.
    其他資料：
    Co-LncRNA:lncRNA與蛋白編碼基因的共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫

• 7.FACER

  • FACER簡介

  • 表觀遺傳染色質(zhì)調(diào)節(jié)劑的分子和功能的綜合表征（comprehensive molecular and functional characterization of epigenetic chromatin regulators）
    FACER (Functional Atlas of Chromatin Epigenetic Regulators) FACER 提供搜索和下載640個(gè)功能CRs（33種癌癥類型）的基本信息和多組學(xué)特征。
    

    FACER

    
    help部分也提供了詳細(xì)的使用幫助。
    

    help

  • 相關(guān)文獻(xiàn)

    • FACER: comprehensive molecular and functional characterization of epigenetic chromatin regulators

補(bǔ)充:FACER簡介部分我寫的內(nèi)容比較少你可以訪問獲取更詳細(xì)的FACER的描述文章解讀 |FACER：表觀遺傳染色質(zhì)調(diào)節(jié)因子的綜合分子和功能表征