眾所周知，R包只分兩種：一，安裝一順到底的R包；二，安裝就和挑戰(zhàn)過關(guān)卡一樣有毒的R包（雖然主要原因是計(jì)算機(jī)知識(shí)太薄弱我不怪你但還是請(qǐng)你善良。。。），然后我就在準(zhǔn)備分析V(D)J數(shù)據(jù)時(shí)遇到了這樣一個(gè)“美好善良”的scRepertoire。。。

library(devtools)

devtools::install_github("ncborcherding/scRepertoire@dev")

由于裝的R不是4.0及以上版本，所以裝的開發(fā)板，然后關(guān)卡開始。。。

首先是依賴包（關(guān)卡）gsl安裝的報(bào)錯(cuò)

-----ERROR1-----

configure: error: gsl-config not found, isGSL installed?

ERROR: configuration failed for package‘gsl’

--REASON--

因?yàn)闆]有安裝‘gsl-devel’軟件（GSL）,gsl-config是‘gsl-devel’包中的一個(gè)腳本

--SOLVE--

sudo yum install gsl-devel #RedHat#

-----ERROR2-----

image

--REASON--

哇這個(gè)原因研究了好久，陷入了本地R改環(huán)境變量LD_LIBRARY_PATH的泥潭，但是Rstudio（服務(wù)器中）就是沒有反應(yīng)，后來才明白R(shí)studio的動(dòng)態(tài)共享庫(kù)位置讀取文件與R本地的不同，呵呵噠。。。。

--SOLVE--

本地R 可寫入~./bashrc 或bash: export LD_LIBRARY_PATH="/usr/local/lib"

**Rstudio **寫入配置文件 /etc/rstudio/rserver.conf添加相應(yīng)設(shè)置: rsession-ld-library-path=/usr/local/lib
重啟RStudio-server
重啟session

其次是依賴包（關(guān)卡）cubature安裝的報(bào)錯(cuò)

-----ERROR1-----

image

--REASON--

這對(duì)我一個(gè)不是計(jì)算機(jī)出身的人來說就有點(diǎn)難了，然后自行搜索了解了C語(yǔ)言三種標(biāo)準(zhǔn)的歷史，然并卵，該不會(huì)解決還是不會(huì)能解決C這種底層語(yǔ)言。。。

--SOLVE--

*TRY1

Sys.getenv()

Sys.setenv("CFLAGS"="-std=c99")

環(huán)境變量里是有了-std=c99的CFLAGS變量，但是，該報(bào)錯(cuò)還是報(bào)錯(cuò)，嗨。。。

*TRY2

挑戰(zhàn)一下自己，胡搞搞說不定能闖出一番天地（過關(guān)卡）
更改安裝文件 Makefile.in

路徑：/tmp/Rtmpr6vOp5/downloaded_packages/cubature/src/Cuba-4.2-nonwin/makefile.in

添加如框：

image

加載本地R包：

image

然后稀里糊涂的就成功了。。。

嘿