AmyTree算法

1. input要求:四個(gè)文件,Y-SNP基因型, 樹文件, 編譯名稱文件,參考序列

2. ?Call Quality test:高質(zhì)量則用ref+變異一起做分析,低質(zhì)量則用變異做分析

3. Y-SNP來判斷個(gè)個(gè)節(jié)點(diǎn)的狀態(tài): 高質(zhì)量時(shí),match 85%為true, 低質(zhì)量時(shí),match 5%為true

4.V算法: return所有葉子節(jié)點(diǎn)是True的情況

5. h算法:return節(jié)點(diǎn),這些節(jié)點(diǎn)沒有自節(jié)點(diǎn)為True,或已經(jīng)到了葉節(jié)點(diǎn)

6.c算法:只有葉子節(jié)點(diǎn)的祖先節(jié)點(diǎn)在h算法中被return了,才保留

7.s算法:如果C算法中還有多個(gè),則報(bào)告最深度的葉節(jié)點(diǎn)

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