安裝
###one###
#note: the fastp version in bioconda may be not the latest
$conda install -c bioconda fastp
###two###
#this binary was compiled on CentOS, and tested on CentOS/Ubuntu
$wget http://opengene.org/fastp/fastp
$chmod a+x ./fastp
###three###
#zlip
$wget http://www.zlib.net/zlib-1.2.8.tar.gz
$tar -xvzf zlib-1.2.8.tar.gz
$cd zlib-1.2.8.tar.gz
$./configure
$make
$make install
# get source (you can also use browser to download from master or releases)
$git clone https://github.com/OpenGene/fastp.git
# build
$cd fastp
$make
使用
#簡(jiǎn)單的使用
#單端測(cè)序single end(SE)
fastp -i in.fq -o out.fq
#雙端測(cè)序paired end(PE)
fastp -i in.R1.fq.gz -I in.R2.fq.gz -o our.R1.fq.gz -O out.R2.fq.gz
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