FastqCount (https://github.com/zhimenggan/FastqCount)主要用來(lái)計(jì)算fastq文件的reads數(shù)量、base數(shù)、Q20和Q30等指標(biāo)，同時(shí)需要配合pigz一起來(lái)使用。
1.軟件安裝
- 安裝 pigz
conda install pigz
- 安裝FastqCount
#從github下載FastqCount
wget https://github.com/zhimenggan/FastqCount/archive/refs/heads/master.zip
chmod 755 FastqCount_v0.5
#添加環(huán)境變量
vim .bashrc
export PATH=$PATH:/home1/huangchenjue/tools/fastqcount/
source .bashrc
2.使用
- 對(duì)于單端文件
./FastqCount input.fastq
- 對(duì)于雙端文件
pigz -dc R1.fastq.gz R2.fastq.gz | ./FastqCount - > VP3.fastq.out
3.輸出結(jié)果
| Total Reads | Total Bases | N Bases | Q20 | Q30 | GC |
|---|---|---|---|---|---|
| 8781961 (8.78 M) | 1317294150 (1.32 G) | 0.00% | 72.00% | 62.00% | 45.00% |
