最近一段時間正在努力學習單細胞相關的理論知識，發(fā)現單細胞測序和普通的真核細胞的轉錄組非常相似。兩者之間的最大的區(qū)別在于，一個測的是單個細胞的表達，一個測的是一堆細胞的表達之和。所以從這里就可以理解，為什么網上很多教程都在說，單細胞數據是一個巨大的稀疏矩陣。假設，一個樣本可以捕獲一萬個細胞，這時候單細胞的矩陣大小為：2w個基因*樣本數*1萬個細胞，而轉錄組數據的大?。?w個基因*樣本數。兩個矩陣相差了一萬倍，巨大一詞就是從此處而來。
我們要理解不是所有的細胞都要表達2w個基因，細胞在機體內有各自的分工，所以有的細胞可能就只表達了幾百個基因，有的是幾十個，有的是幾千個，所以單細胞數據中會存在大量的零，這種數據又被稱為稀疏矩陣。
那我們怎么做單細胞分析呢？
目前生信豆芽菜推出了一個單細胞工具分析。老版的如下：
該版本的使用，需要對單細胞工具分析流程有一定的了解才可以。但是目前使用工具進行分析的小伙伴其實很多和我應該是一樣的，沒什么基礎。甚至第一步做什么，第二步做什么都不了解。
為此，通過和小白老師溝通，終于想出來了一個針對新手分析單細胞數據的方式，就是目前新版的單細胞分析
http://www.sxdyc.com/singleCellBasicVisual
詳細的過程可以看小白老師的教程：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzkxMjMxOTcyNQ==&mid=2247488386&idx=1&sn=99ef70cbfb5c16578b4b71e946a7a344&chksm=c10fe600f6786f16c76c29d6f8dd059b5d56a34a483429f95f01cf1a934fbc72b9d28ab3c6b5&token=886905049&lang=zh_CN#rd
并附帶了視頻講解：嗶哩嗶哩鏈接：https://www.bilibili.com/video/BV1Ft421g7y4/?spm_id_from=333.999.0.0&vd_source=a88031824b3f734795656d5934ac4c66
