前言
生物信息分析總是避不開從NCBI上下載數(shù)據(jù)，但是很多時(shí)候通過瀏覽器登錄NCBI都費(fèi)勁，更別說下載大量的數(shù)據(jù)了。
NR和NT數(shù)據(jù)庫是做序列比對(duì)經(jīng)常用到的數(shù)據(jù)庫
下載鏈接： Index of /blast/db/FASTA
這兩個(gè)數(shù)據(jù)庫一直在不斷地更新，數(shù)據(jù)也越來越大，截止到2021年4月，這兩數(shù)據(jù)庫壓縮包一個(gè)95G，一個(gè)104G，想要通過網(wǎng)頁下載比較困難，所以推薦使用下載工具aspera
所以很必要了解一下NCBI數(shù)據(jù)下載工具aspera，該軟件是由IBM開發(fā)，能夠最大程度利用寬帶速度，下載NR和NT數(shù)據(jù)庫的時(shí)候速度能飚到400Mb/s，下載基因組的時(shí)候能飚到20Mb/s。
<meta charset="utf-8">

下載安裝

下載鏈接

ascp 官方說明：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK242625/
選擇自己需要的版本，這里選擇aspera-connect-3.7.4.147727-linux版本為例。

下載：wget http://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.7.4/aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz

解壓：tar -xzvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz

安裝：sh aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.sh 
#此時(shí)安裝已經(jīng)完成，去到用戶的home目錄里能看到一個(gè).aspera目錄

秘鑰復(fù)制： cd；cp ./.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.putty .；
cp ./.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh ./
# 切換到home路徑，將兩個(gè)重要的配置文件復(fù)制到home路徑

添加環(huán)境變量：echo 'export PATH=~/.aspera/connect/bin:$PATH' >> ~/.bashrc ；source ~/.bashrc

ascp --help
就可以正常使用啦

NCBI數(shù)據(jù)下載示例

##NR下載鏈接：
https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nr.gz

##ascp 官方說明：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK242625/
安裝完成后可以使用ascp --help查看幫助，Aspera需要私鑰asperaweb_id_dsa.openssh

# 然后在/vol1/agis/gaofei_group/zhangxin/software/NR_database目錄下下載nr.gz
cd /vol1/agis/gaofei_group/zhangxin/software/NR_database
ascp -v -k 1 -T -l 400m -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast/db/FASTA/nr.gz ./

下載NT
ascp -v -k 1 -T -l 400m -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast/db/FASTA/nt.gz ./
參數(shù)-i表示限制的最大下載速度，一般200m到500m