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基本

一、數(shù)據(jù)管理

• vector：向量
• numeric：數(shù)值型向量
• logical：邏輯型向量
• character:字符型向量
• list：列表
• data.frame：數(shù)據(jù)框
• c：連接為向量或列表
• length：求長度
• subset：求子集
• seq，from:to，sequence：等差序列
• rep：重復(fù)
• NA：缺失值
• NULL：空對象
• sort，order，unique，rev：排序
• unlist：展平列表
• attr，attributes：對象屬性
• mode，typeof：對象存儲模式與類型
• names：對象的名字屬性

二、字符串處理

• character：字符型向量
• nchar：字符數(shù)
• substr：取子串
• format，formatC：把對象用格式轉(zhuǎn)換為字符串
• paste，strsplit：連接或拆分
• charmatch，pmatch：字符串匹配
• grep，sub，gsub：模式匹配與替換

三、復(fù)數(shù)

• complex，R
• e，Im，Mod，Arg，Conj：復(fù)數(shù)函數(shù)

四、因子

• factor：因子
• codes：因子的編碼
• levels：因子的各水平的名字
• nlevels：因子的水平個數(shù)
• cut：把數(shù)值型對象分區(qū)間轉(zhuǎn)換為因子
• table：交叉頻數(shù)表
• split：按因子分組
• aggregate：計算各數(shù)據(jù)子集的概括統(tǒng)計量
• tapply：對“不規(guī)則”數(shù)組應(yīng)用函數(shù)

數(shù)學(xué)

一、計算

• +, -, *, /, ^, %%, %/%：四則運(yùn)算
• ceiling，floor，round，signif，trunc，zapsmall：舍入
• max，min，pmax，pmin：最大最小值 range：最大值和最小值
• sum，prod：向量元素和，積
• cumsum，cumprod，cummax，cummin：累加、累乘
• sort：排序
• approx和approx fun：插值
• diff：差分
• sign：符號函數(shù)

二、數(shù)學(xué)函數(shù)

• abs，sqrt：絕對值，平方根
• log, exp, log10, log2：對數(shù)與指數(shù)函數(shù)
• sin，cos，tan，asin，acos，atan，atan2：三角函數(shù)
• sinh，cosh，tanh，asinh，acosh，atanh：雙曲函數(shù)
• beta，lbeta，gamma，lgamma，digamma，trigamma，tetragamma，pentagamma，choose ，lchoose：與貝塔函數(shù)、伽瑪函數(shù)、組合數(shù)有關(guān)的特殊函數(shù)
• fft，mvfft，convolve：富利葉變換及卷積
• polyroot：多項式求根
• poly：正交多項式
• spline，splinefun：樣條差值
• besselI，besselK，besselJ，besselY，gammaCody：Bessel函數(shù)
• deriv：簡單表達(dá)式的符號微分或算法微分

三、數(shù)組

• array：建立數(shù)組
• matrix：生成矩陣
• data.matrix：把數(shù)據(jù)框轉(zhuǎn)換為數(shù)值型矩陣
• lower.tri：矩陣的下三角部分
• mat.or.vec：生成矩陣或向量t：矩陣轉(zhuǎn)置
• cbind：把列合并為矩陣
• rbind：把行合并為矩陣
• diag：矩陣對角元素向量或生成對角矩陣
• aperm：數(shù)組轉(zhuǎn)置
• nrow, ncol：計算數(shù)組的行數(shù)和列數(shù)
• dim：對象的維向量
• dimnames：對象的維名
• row/colnames：行名或列名
• %*%：矩陣乘法
• crossprod：矩陣交叉乘積（內(nèi)積）
• outer：數(shù)組外積
• kronecker：數(shù)組的
• Kronecker積 apply：對數(shù)組的某些維應(yīng)用函數(shù)
• tapply：對“不規(guī)則”數(shù)組應(yīng)用函數(shù)
• sweep：計算數(shù)組的概括統(tǒng)計量
• aggregate：計算數(shù)據(jù)子集的概括統(tǒng)計量
• scale：矩陣標(biāo)準(zhǔn)化
• matplot：對矩陣各列繪圖
• cor：相關(guān)陣或協(xié)差陣
• Contrast：對照矩陣
• row：矩陣的行下標(biāo)集
• col：求列下標(biāo)集

四、線性代數(shù)

• solve：解線性方程組或求逆
• eigen：矩陣的特征值分解
• svd：矩陣的奇異值分解
• backsolve：解上三角或下三角方程組
• chol：Choleski分解
• qr：矩陣的QR分解
• chol2inv：由Choleski分解求逆

五、邏輯運(yùn)算

• ，=，==，!=：比較運(yùn)算符
• !，&，&&，|，||，xor()：邏輯運(yùn)算符
• logical：生成邏輯向量
• all，any：邏輯向量都為真或存在真
• ifelse()：二者擇一
• match，%in%：查找unique：找出互不相同的元素
• which：找到真值下標(biāo)集合
• duplicated：找到重復(fù)元素

六、優(yōu)化及求根

• optimize，uniroot，polyroot：一維優(yōu)化與求根

程序設(shè)計

一、控制結(jié)構(gòu)

• if，else，ifelse，switch：分支
• for，while，repeat，break，next：循環(huán)
• apply，lapply，sapply，tapply，sweep：替代循環(huán)的函數(shù)。

二、函數(shù)

• function：函數(shù)定義
• source：調(diào)用文件
• call：函數(shù)調(diào)用
• .C，.Fortran：調(diào)用C或者Fortran子程序的動態(tài)鏈接庫。
• Recall：遞歸調(diào)用
• browser，debug，trace，traceback：程序調(diào)試
• options：指定系統(tǒng)參數(shù)
• missing：判斷虛參是否有對應(yīng)實參
• nargs：參數(shù)個數(shù)
• stop：終止函數(shù)執(zhí)行
• on.exit：指定退出時執(zhí)行
• eval，expression：表達(dá)式計算
• system.time：表達(dá)式計算計時
• invisible：使變量不顯示
• menu：選擇菜單（字符列表菜單）

其它與函數(shù)有關(guān)的還有：delay，delete.response，deparse，do.call，dput，environment ，，formals，format.info，interactive，is.finite，is.function，is.language，is.recursive ，match.arg，match.call，match.fun，model.extract，name，parse，substitute，sys.parent ，warning，machine。

三、輸入輸出

• cat，print：顯示對象
• sink：輸出轉(zhuǎn)向到指定文件
• dump，save，dput，write：輸出對象
• scan，read.table，load，dget：讀入

四、工作環(huán)境

• ls，objects：顯示對象列表
• rm, remove：刪除對象
• q，quit：退出系統(tǒng)
• .First，.Last：初始運(yùn)行函數(shù)與退出運(yùn)行函數(shù)。
• options：系統(tǒng)選項
• ?.help，help.start，apropos：幫助功能
• data：列出數(shù)據(jù)集

統(tǒng)計計算

一、統(tǒng)計分布

每一種分布有四個函數(shù)：d――density（密度函數(shù)），p――分布函數(shù)，q――分位數(shù) 函數(shù)，r――隨機(jī)數(shù)函數(shù)。比如，正態(tài)分布的這四個函數(shù)為dnorm，pnorm，qnorm，rnorm。下 面我們列出各分布后綴，前面加前綴d、p、q或r就構(gòu)成函數(shù)名：

norm：正態(tài)，t：t分布，f：F分布，chisq：卡方（包括非中心）unif：均勻，exp：指數(shù)，weibull：威布爾，gamma：伽瑪，beta：貝塔lnorm：對數(shù)正態(tài)，logis：邏輯分布，cauchy：柯西，binom：二項分布，geom：幾何分布，hyper：超幾何，nbinom：負(fù)二項，pois：泊松signrank：符號秩，wilcox：秩和，tukey：學(xué)生化極差

二、簡單統(tǒng)計量

• sum, mean, var, sd, min, max, range, median, IQR（四分位間距）等為統(tǒng)計量
• sort，order，rank與排序有關(guān)
  其它還有ave，fivenum，mad，quantile，stem等。

三、統(tǒng)計檢驗

R中已實現(xiàn)的有chisq.test，prop.test，t.test。

四、多元分析

• cor，cov.wt，var：協(xié)方差陣及相關(guān)陣計算
• biplot，biplot.princomp：多元數(shù)據(jù)biplot圖
• cancor：典則相關(guān)
• princomp：主成分分析
• hclust：譜系聚類
• kmeans：k-均值聚類
• cmdscale：經(jīng)典多維標(biāo)度

其它有dist，mahalanobis，cov.rob。

五、時間序列

• ts：時間序列對象
• diff：計算差分
• time：時間序列的采樣時間
• window：時間窗

六、統(tǒng)計模型

• lm，glm，aov：線性模型、廣義線性模型、方差分析

原文鏈接：R語言常用函數(shù) | Public Library of Bioinformatics

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