2019-11-28 LOBSTER在GPU上多線程并行提交方法

問題:

一般VASP計算時采用MPI多進程并行計算,而LOBSTER只能進行多線程并行計算,如何提交?


解決方法:

export OMP_NUM_THREADS=8

lobster-3.2.0 > lobster.log &


注意:

這里的GPU服務器有兩個CPU,每個CPU有4個核,以上提交方法是在沒有任務排隊的情況下運行。

當有別人已有計算任務在算時,占用了CPU0,這時自己再提交任務則提交到CPU1,可以設(shè)置線程數(shù)為4,進行加速。

當正在計算的任務是自己的時候,占用了CPU0,再計算時線程數(shù)最多只能是CPU0上剩余的核數(shù)。


附件:

提交LOBSTER時的pbs腳本。



#!/bin/bash

#PBS -N jobname

#PBS -q batch

#PBS -l walltime=100:00:00

#PBS -l nodes=1:pq:ppn=8

#PBS -r n

#PBS -j oe

#PBS -o /home/shsun/feedback

#PBS -m bea

export NPROCS=`wc -l < $PBS_NODEFILE`

echo ------------------------------------------------------

echo 'This job is allocated on '${NPROCS}' cpu(s)'

echo 'Job is running on node(s): '

cat $PBS_NODEFILE

echo ------------------------------------------------------

echo PBS: qsub is running on $PBS_O_HOST

echo PBS: originating queue is $PBS_O_QUEUE

echo PBS: executing queue is $PBS_QUEUE

echo PBS: working directory is $PBS_O_WORKDIR

echo PBS: execution mode is $PBS_ENVIRONMENT

echo PBS: this script pid is $$

echo PBS: job identifier is $PBS_JOBID

echo PBS: job name is $PBS_JOBNAME

echo PBS: node file is $PBS_NODEFILE

echo PBS: current home directory is $PBS_O_HOME

echo PBS: PATH = $PBS_O_PATH

echo ------------------------------------------------------

cd $PBS_O_WORKDIR

export OMP_NUM_THREADS=8

date

lobster-3.2.0 > lobster.log

#MPIRUN=/home/pub/MPI/openmpi/1.6.4/bin/mpirun

#VVASP=vasp-gpu-vtst5.4.x

#VASP=/home/pub/bin/$VVASP

#$MPIRUN -np 3 $VASP > vasp.log

#tar czvf chg.tgz CHG

#rm CHGCAR WAVECAR

#rm CHG* WAVE*

date



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