R Markdown是通過R來書寫可重復(fù)動(dòng)態(tài)報(bào)告的一種格式。利?用它在幻燈?片、pdf、html?文檔、Word?文件中嵌?入R代碼和結(jié)果，語法與Markdown一致，下面主要介紹YAML表頭及代碼塊的參數(shù)設(shè)置
YAML 設(shè)置，注意是有縮進(jìn)的
YAML 語言（發(fā)音 /?j?m?l/ ）的設(shè)計(jì)目標(biāo)，就是方便人類讀寫。它實(shí)質(zhì)上是一種通用的數(shù)據(jù)串行化格式.
它的基本語法規(guī)則如下。參考
- 大小寫敏感
- 使用縮進(jìn)表示層級(jí)關(guān)系
- 縮進(jìn)時(shí)不允許使用Tab鍵，只允許使用空格。
- 縮進(jìn)的空格數(shù)目不重要，只要相同層級(jí)的元素左側(cè)對(duì)齊即可
在Rmarkdown中放在“---”之間
---
title: "標(biāo)題"
author:"作者"
date:"`r Sys.Date()`"
output:html_document: or pdf_document or word_document
theme: cerulean #樣式
highlight: zenburn
codefloding:
number_sections:yes #目錄自動(dòng)編號(hào)
toc:yes #可對(duì)全文檔添加目錄
toc_float: True #目錄作為側(cè)邊欄
---
嵌入代碼的兩種方式，及設(shè)置輸出參數(shù)
1.嵌入行內(nèi)如：`r 1+1`
2.代碼塊，各種參數(shù)請(qǐng)看下面介紹
```{r 參數(shù):值}
plot(iris)
```
設(shè)置全局參數(shù)opts_chunk$set(echo = FALSE, fig.height = 4)
也可以每個(gè)代碼塊設(shè)置參數(shù){r 參數(shù):值}
eval TRUE 是否執(zhí)行代碼，F(xiàn)則原樣輸出源代碼
echo TRUE 是否顯示代碼，甚至精確控制顯示哪幾段代碼（echo取數(shù)值）
warning TRUE 顯示警號(hào)信息，
error FALSE Whether to display errors
message TRUE Whether to display messages
tidy FALSE 代碼重排
highlight TRUE 增強(qiáng)可讀性，有無數(shù)的高亮主題可選，僅適用于LaTeX和HTML輸出
results "markup" "markup", "asis", "hold", or "hide" 普通文本輸出或?qū)⑽谋据敵鲆栽瓨有问捷敵?br>
cache FALSE 選項(xiàng)cache=TRUE來啟用緩存，相應(yīng)的cache.path選項(xiàng)用來設(shè)置緩存文件的路徑。
comment "##" Comment character to preface results with
out.width和out.height設(shè)置圖片在輸出文檔中的寬高
fig.width 7 Width in inches for plots created in chunk
fig.height 7 Height in inches for plots created in chunk
fig.path 用來設(shè)置圖形輸出的路徑
fig.keep 設(shè)置保留圖形的方式
fig.show 設(shè)置圖形顯示的方式
dev 設(shè)置用哪種圖形設(shè)備記錄圖形
詳細(xì)看
所有選項(xiàng)可參考官方說明： https://yihui.name/knitr/options/
輸出表格樣式
knitr::kable(mtcars) #表格
knitr::include_graphics() #讀取圖片
DT包
kableExtra包
渲染為PDF 或html docx
rmarkdown::render("<file path>")
交互的report
runtime: shiny 加到Y(jié)AML中
Choose a time series:
\```{r echo = FALSE}
selectInput("data", "", c("co2", "lh"))
\```
See a plot:
\```{r echo = FALSE}
renderPlot({
d <- get(input$data)
plot(d)
})
\```
渲染方式
rmarkdown::run("a.Rmd")
參考鏈接：
參考卡片 https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2015/02/rmarkdown-cheatsheet.pdf
中文版 https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2015/03/rmarkdown-chinese.pdf
