原文來源：Wang, Likai, et al. "Ethylene induces combinatorial effects of histone H3 acetylation in gene expression in Arabidopsis." BMC genomics 18.1 (2017): 538.
這篇文章很多數(shù)據(jù)來源于之前發(fā)表的一篇高分文章：Zhang, Fan, et al. "EIN2-dependent regulation of acetylation of histone H3K14 and non-canonical histone H3K23 in ethylene signalling." Nature communications 7 (2016): 13018. 從重復利用已發(fā)表數(shù)據(jù)這一點來講，也很值得學習。

1 摘要

1.1 背景

研究者發(fā)現(xiàn)乙烯可以誘導擬南芥黃化苗發(fā)生組蛋白修飾H3K14Ac和H3K23Ac，同時伴隨一些基因的活化。為了評估在乙烯刺激之后H3K9, H3K14, and H3K23乙?；淖饔?，研究者使用了野生型（Col-0）和乙烯反應突變體（ein2-5）的幼苗，探究了乙烯是如何影響乙酰化的，以及比較了相關基因的表達量。

關于乙烯反應突變體，科學網的幾篇博客有詳細介紹：乙烯信號簡史

1.2 結果

H3K9Ac，H3K14Ac和H3K23Ac優(yōu)先在轉錄起始位點富集，并且與基因表達水平呈正相關。PS: 還根據(jù)兩個變量（野生型與突變體、有無乙烯處理）做了橫縱對比得到了一些結果。

1.3 結論

乙烯誘導H3K9Ac，K14Ac和K23Ac組蛋白乙酰化形成了組合效應，并在基因組范圍對基因表達產生影響。此外，對于一組乙烯調節(jié)的基因，在沒有乙烯的情況下，H3K9Ac的水平和分布能夠作為區(qū)分上調和下調基因的標記；在乙烯存在的情況下，H3K14Ac和H3K23Ac的水平和分布的變化是基因表達水平改變所必需的。

2 方法

2.1 Plant growth conditions

2.2 Chromatin immunoprecipitation (ChIP) assays

染色質免疫沉淀實驗：Antibody H3K9Ac (Millipore; 07-352, 1:3000 dilution), anti-H3K14Ac (Millipore; 07-353, 1:2000 dilution), antiH3K23Ac (Millipore; 07-355, 1:3000 dilution)。還做了ChIP-qPCR，目的應該是想研究基因或基因組中一段序列是否受到組蛋白修飾的調控（這種方法的局限性：易出現(xiàn)假陽性結果；通量低）。

2.3 ChIP-seq

IgG作為陰性對照

2.4 ChIP-seq data analysis

數(shù)據(jù)獲?。篏SE77396 and GSE93875

根據(jù)自己的理解整理的流程

2.5 RNA-seq data analysis

2.6 Real-time PCR

未完，后面再補充詳細的結果部分。分析部分見：http://www.itdecent.cn/p/78571f87bef9