title: GDAS000-基因組數(shù)據(jù)分析系列筆記
date: 2019-09-01 12:0:00
type: "tags"
tags:
- Bioconductor
categories: - Genomics Data Analysis Series
前言
以前在網(wǎng)上看到了哈佛大學(xué)的PH525x系列課程，這個系列教程主要是生物信息學(xué)相關(guān)的內(nèi)容，一共是17章。這17章內(nèi)容可以大致分為三部分。
第一部分：第1章到10章主要是講的與生物信息學(xué)有關(guān)的統(tǒng)計學(xué)基礎(chǔ)，參考書是《Data Analysis for the life sciences》，第1章到第10章的筆記已經(jīng)做完。
第二部分：第11章到第17章，涉及生物信息學(xué)的應(yīng)用部分，例如Bioconductor上的幾個包使用等，根據(jù)官網(wǎng)信息，這部分是《Genomics Data Analysis Series》，本來是想按照PH525x series - Biomedical Data Science 這個系列課程的目錄來做筆記的，但是這里面的順序并不太好，有部分重復(fù)，后來又發(fā)現(xiàn)了HarvardX Biomedical Data Science Open Online Training的課程目錄，這個就比較友好了，里面有視頻，也有代碼。因此就按后者的順序來做筆記。
第三部分：一些使用案例，內(nèi)容是《Using Python for Research》，這個后面也會有筆記。
主要內(nèi)容
基因組數(shù)據(jù)分析系列筆記主要分為以下幾部分：
第一部分：Bioconductor介紹
這一部分涉及Bioconductor的基本情況，包括注釋，基因組分析與基因分析（Introduction to Bioconductor: Annotation and Analysis of Genomes and Genomic Assays，注：我是區(qū)別不了Analysis of Genomes與Genomic Assays）。
